Kláštor San Francesco bol pravdepodobne založený pred rokom 1301, keď bratia Minor začali s výstavbou kostola. Kláštor uchováva bohatú zbierku hudobnej literatúry, zatiaľ čo starobylá knižnica sa môže pochváliť zbierkou kníh z pätnásteho storočia. Maloletí mnísi stále žijú v kláštore, spravujú cirkev, ponúkajú duchovnú pomoc a hosťujú duchovné ústupy. Kláštor je jednou z miestností s najlepšou akustikou v Slovinsku a už niekoľko rokov je domovom mnohých hudobných podujatí na vysokej úrovni, ako sú hudobné večery Piranesi a Festival Tartini. Z kláštora sa dostanete do obrazovej galérie kláštora, kde môžete obdivovať diela benátskych maliarov.