W czasach rzymskich Wyspa Patmos była miejscem wygnania, a uczeń Jezusa, Święty Jan, znalazł się na wyspie w 95 r., ponieważ został skazany na wygnanie na dwa lata. W rzeczywistości Patmos jest wyraźnie wspomniany w pracy jako miejsce, w którym miał swoje wizje, i napisał apokalipsę, ostatnią z 27 ksiąg Nowego Testamentu. Jaskinia Świętej Anny, w której miało to nastąpić, jest uważana za jedno z najważniejszych miejsc w chrześcijaństwie. I przez ten Patmos nazywany jest "Jerozolimą Morza Śródziemnego". Klasztor został założony przez Świętego Chrystusa w okresie arabskim, w XI wieku, a następnie nazwany na cześć św. Jana Teologa. Patmos był prawie opuszczony, gdy ten utalentowany i wykształcony mnich, St Cristodulo w 1088 roku poprosił i przejął kontrolę nad całą wyspę od cesarza bizantyjskiego Aleksego I Komnena, ponieważ założył klasztor na cześć św Jana Teologa. San Cristodul pozostał w Patmos do 1108 roku, kiedy został zmuszony do opuszczenia go z powodu inwazji tureckich piratów i zmarł w tym samym roku w Eubei. Jednak jego marzenie nadal inspirowało innych mnichów, którzy kontynuowali pracę w następnych wiekach i rozbudowali Klasztor między XV A XVII wiekiem. Założenie klasztoru św. Jana Teologa zapoczątkowało kulturową i religijną ścieżkę, która doprowadziła wyspę do tego, że jest punktem odniesienia dla całego chrześcijaństwa. Od tego czasu rozpoczął się niesamowity rozwój na wyspie Patmos, nie tylko z kulturowego, ale także ekonomicznego punktu widzenia. Przez wieki, przez prawie tysiąc lat historii Klasztor San Giovanni zawsze pozostawał aktywny i zachował bardzo cenne freski i starożytne dokumenty. Wyspa Patmos została ogłoszona świętym patriarchatem, aktem synodycznym i prawem 1155/81 państwa greckiego. Klasztor wraz z miastem Chora i jaskinią apokalipsy zostały wpisane na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO w 1999 roku ze względu na ich wysoką uniwersalną wartość. Klasztor, widoczny z zewnątrz, wygląda jak twierdza z imponującymi 15-metrowymi murami. W rzeczywistości został zbudowany na najwyższym szczycie Patmos z myślą o stworzeniu miejsca dobrze chronionego przed piratami. Po śmierci mnicha zakończono budowę potężnych ścian zewnętrznych głównego kościoła (tzw. Katolikonu) refektarza oraz niektórych z dwudziestu cel, którymi dziś dysponują mnisi. Wewnątrz klasztoru znajduje się wiele dziedzińców, klasztorów i 10 kaplic. W centralnym dziedzińcu z trzema dużymi łukami, zbudowanymi w 1698 r., znajduje się Kościół katolicki składający się z głównego kościoła, kaplicy św. Kaplica poświęcona Bogurodzicy ma prostokątny układ i zawiera najstarsze freski klasztoru pochodzące z końca XI wieku. Wewnątrz Kościoła, z greckim krzyżem i centralną kopułą, znajduje się ikonostas z 1820 r.i niektóre XVII-wieczne freski.