De Abdij van Hovedøya werd op 18 mei 1147 gesticht door monniken van de Abdij van Kirkstead op het eiland Hovedøya en gewijd aan de Heilige Maagd Maria en de Heilige Edmund. Een kerk gewijd aan Edmund stond al op het eiland, en de monniken namen deze over als de abdijkerk, het aanpassen van het om te voldoen aan de Cisterciënzer eisen. Abt Philippus, is de stichter, hij kwam naar het eiland van Kirkstead, Lincolnshire in Mei 1147, samen met 12 monniken en enkele lekenbroeders. De rest van het klooster volgt een aangepast cisterciënzer bouwplan, om rekening te houden met een kleine Lokale heuvel. De kerk zelf is gebouwd in Romaanse stijl; de rest van het klooster was vermoedelijk Gotisch. Tijdens de middeleeuwse periode was de abdij een van de rijkste instellingen in Noorwegen, met meer dan 400 eigendommen, waaronder een visserij-en houtwerf.
Politieke onrust tijdens de troonopvolging van Denemarken-Noorwegen leidde tot het einde van het klooster. De abt, die de Protestantse koning Christiaan II had gesteund, mogelijk in een poging om steun te krijgen in het licht van de komende Reformatie, kwam in conflict met de commandant van het fort van Akershus, Mogens Gyllenstierne, die ironisch genoeg de Rooms-Katholieke Prins Frederik I had gesteund. De hoop die de orde had om de rijke abdij te herstellen werd vier jaar later, toen de Reformatie Denemarken-Noorwegen overspoelde, teniet gedaan.
