Kostomarovsky Spassky-klostrets oprindelse kendes ikke med sikkerhed, men det menes at være blevet grundlagt som et kloster i det 17. århundrede af munke fra Ukraine, der bosætter sig her sammen med kosakker. Det er dog muligt, at klostret faktisk er meget ældre, og der er endda en teori om, at det stammer tilbage fra dengang kristendommen først blev indført i Rusland.
Det første egentlige skriftlige vidnesbyrd om klosteret stammer fra slutningen af det 18. århundrede, hvor det nævnes som en skete under Belogorsky Voskresensky-klosteret. Efter revolutionen blev klosteret lukket, selv om nogle munke i hemmelighed blev her. En af disse munke var den ældre Pjotr, som blev fængslet, da han blev opdaget i slutningen af 1930'erne, og det siges, at han senere døde i fængslet. Under Anden Verdenskrig lå det tidligere kloster i besat område, og nogle lokale folk siges at have gemt sig i grotterne. Kort efter krigen fik Frelserkatedralen lov til at genåbne, men i 1959 blev den igen lukket under Khruschev's antireligiøse politik. I 1997 blev området givet tilbage til den ortodokse kirke og genåbnet, men som et kloster snarere end et kloster.
