Kostomarovsky Spassky-klostrets ursprung är inte säkert känt, men man tror att det grundades som ett kloster på 1600-talet av munkar från Ukraina som bosatte sig här tillsammans med kosacker. Det är dock möjligt att klostret faktiskt är mycket äldre och det finns till och med en teori om att det går tillbaka till den tid då kristendomen först introducerades i Ryssland.
Det första egentliga skriftliga beviset för klostret är från slutet av 1700-talet då det nämns som en skeede i Belogorsky Voskresensky Monastery. Efter revolutionen stängdes klostret, även om några munkar i hemlighet stannade kvar här. En sådan munk var den äldre Pjotr som när han upptäcktes i slutet av 1930-talet fängslades och sägs senare ha dött i fängelset. Under andra världskriget låg det tidigare klostret på ockuperat område och en del lokalbefolkning sägs ha gömt sig i grottorna. En kort tid efter kriget fick Frälsarkatedralen tillåtelse att öppna igen, men 1959 stängdes den återigen på grund av Chrusjtjovs antireligiösa politik. År 1997 återlämnades området till den ortodoxa kyrkan och öppnades på nytt, men som ett kloster snarare än ett kloster.
