Under romartiden var ön Patmos en plats för exil och Jesu lärjunge, St John I 95 e.Kr. var på ön eftersom dömd till exil i två år. Patmos nämns i själva verket uttryckligen i arbetet som den plats där han skulle ha haft sina visioner och skrev uppenbarelsen, den sista av de 27 böckerna i Nya Testamentet. Grottan St Anne, där detta skulle äga rum anses vara en av de viktigaste platserna i kristenheten. Och av denna anledning Patmos, kallas "Jerusalem i Medelhavet". Klostret grundades av St Christopher under den arabiska perioden, i XI-talet och namngavs sedan efter St John theologen. Patmos var nästan öde när denna begåvade och utbildade munk, San Cristodulo i 1088 frågade och fick förvaltningen av hela ön från den bysantinska kejsaren Alexios I Komnenos, för att hitta ett kloster för att hedra Johannes evangelisten. San Cristodulo stannade i Patmos fram till 1108 när han tvingades överge det på grund av invasionerna av turkiska pirater och dog samma år i Euboea. Hans dröm fortsatte dock att inspirera andra munkar som fortsatte sitt arbete under de följande århundradena och utvidgade klostret mellan femtonde och sjuttonde århundradena. Grunden för klostret St John teologen markerade början på en kulturell och religiös väg som ledde ön att vara en referenspunkt för all kristendom. Från det ögonblicket började en fantastisk utveckling på ön Patmos, inte bara ur kulturell synvinkel, men också från den ekonomiska. Under århundradena, i nästan ett årtusende av historien har klostret San Giovanni alltid varit aktivt och bevarar fresker och gamla dokument av stort värde. Ön Patmos förklarades helig av patriarkatet, Synodlagen och lagen 1155/81 i den grekiska staten. Klostret tillsammans med staden Chora och Apokalypsens grotta namngavs av Unescos världsarvslista 1999, för deras höga universella värde. Klostret, sett från utsidan, ser ut som en fästning på grund av dess imponerande väggar 15 meter höga. Det byggdes på den högsta toppen av Patmos med tanken på att bygga en plats som är väl försvarbar från pirater. Vid munkens död hade byggandet av huvudkyrkans mäktiga ytterväggar (den så kallade Katolikonen) av refectory och några av de tjugo celler som är tillgängliga för munkarna idag slutförts. Klostrets inre har många gårdar, kloster och 10 kapell. I den centrala domstolen, med tre stora bågar byggda 1698, finns Katholikón, bildad av huvudkyrkan, Kapellet St.Cristodulo och Jungfruens. Kapellet tillägnad Jungfru har en rektangulär plan och rymmer klostrets äldsta fresker, som går tillbaka till slutet av XI-talet. Inuti kyrkan, med en grekisk korsplan och centralkupol, finns en ikonostas av 1820 och några fresker från sjuttonhundratalet.