Kościół jest wynikiem aneksji kilku struktur architektonicznych: podwójne schody na fasadzie kryją wejście do leżącego u podstaw kościoła Pocieszenia w Carbonara; środkowy portal prowadzi do kaplicy św. Moniki, ten po lewej do bocznego wejścia kościoła św. Jana.Jest to jeden z najbogatszych kościołów w mieście.Piękny kościół powstał dzięki szlachcicowi Gualtiero Galeota, który w latach 1339-1343 podarował ojcom augustianom ziemię poza murami miasta zwaną "ad carbonetum", umożliwiając im założenie klasztoru i kościoła (Via Carbonara do dziś nosi taką nazwę, ponieważ w średniowieczu była miejscem zbierania śmieci poza murami miasta).Wraz z przybyciem do Neapolu króla Władysława z Durazzo rozpoczęła się gruntowna przebudowa kościoła, który w znacznym stopniu przybrał swój obecny wygląd, z wyjątkiem pewnych modyfikacji i uzupełnień w kolejnych wiekach. Ważne wejście daje wyobrażenie o znaczeniu kościoła: prowadzi do niego monumentalna klatka schodowa zbudowana w XVIII wieku przez Ferdinando Sanfelice, który stworzył podwójny ciąg schodów, aby rozwiązać problem różnic wysokości między ulicą a różnymi wejściami do budynków tworzących złożoną strukturę architektoniczną.W skład całego kompleksu wchodzą jeszcze dwa inne budynki kultu, którymi są Kościół Santa Monica oraz Kościół Pocieszenia w Carbonara; w pobliżu znajduje się także inny kościół - Kościół Pietatella w Carbonara. Wewnątrz monumentalnego kościoła San Giovanni a Carbonara, zbudowanego na planie prostokąta, stoi mauzoleum króla Władysława, wzniesione w latach 1414-1428 i bogato zdobione alegorycznymi figurami.Za pomnikiem znajduje się kaplica Caracciolo del Sole, z pomnikiem Sergianniego Caracciolo, wielkiego siniscalco i kochanka królowej Giovanny. Inne kaplice, takie jak te należące do rodzin Miroballo, Somma i Caracciolo di Vico, są bogate w posągi i ważne zabytki sepulkralne. Na ścianach znajdują się freski ze szkoły Giotta przedstawiające sceny z życia klasztornego i narodziny Dziewicy. Na prawo od prezbiterium znajduje się kaplica Caracciolo di Vico, zakrystia, ołtarz Madonny delle Grazie i pomnik pogrzebowy Miroballo.W kościele znalazło się również szesnaście dzieł Giorgio Vasariego, stworzonych dla zakrystii kościoła. Obrazy panelowe zostały zamówione w 1545 roku przez zakon augustianów, a zrealizowane przez Vasariego w 1546 roku, przy współpracy z Cristofano Gherardi, jednym z jego najbardziej utalentowanych współpracowników. Było to 16 obrazów na płycie, zdobiących drzwi szafek zakrystii, przedstawiających Opowieści ze Starego Testamentu i Epizody z życia Jana Chrzciciela. Piękne dzieła przeszły rygorystyczną renowację i były wystawione również w Capodimonte.
