Kostel vznikl připojením několika architektonických staveb: dvojité schodiště na průčelí skrývá vstup do pod ním stojícího kostela Útěchy v Carbonaru; střední portál vede do kaple svaté Moniky, ten vlevo do bočního vchodu kostela sv. Jana.Jedná se o jeden z nejbohatších kostelů ve městě.Krásný kostel byl postaven díky šlechtici Gualtierovi Galeotovi, který v letech 1339-1343 daroval otcům augustiniánům pozemek za městskými hradbami zvaný "ad carbonetum" a umožnil jim založit klášter a kostel (Via Carbonara se tak dodnes nazývá proto, že ve středověku sloužila jako místo pro sběr odpadků za městskými hradbami).S příchodem krále Ladislava z Durazza do Neapole začala kompletní přestavba kostela, který v podstatě nabyl dnešní podoby, až na některé úpravy a doplňky v následujících staletích. O významu kostela dává tušit jeho důležitý vchod: vede k němu monumentální schodiště postavené v 18. století Ferdinandem Sanfelicem, který vytvořil dvojité schodiště, aby vyřešil problém výškových rozdílů mezi ulicí a různými vchody do budov tvořících složitou architektonickou strukturu.Součástí celého komplexu jsou další dvě bohoslužebné stavby, kterými jsou kostel Santa Monica a kostel Útěchy v Carbonaru; v blízkosti se nachází ještě jeden kostel, kostel Pietatella v Carbonaru. Uvnitř monumentálního kostela San Giovanni a Carbonara, postaveného na obdélníkovém půdorysu, stojí mauzoleum krále Ladislava, postavené v letech 1414-1428 a bohatě zdobené alegorickými postavami.Za ním se nachází kaple Caracciolo del Sole s pomníkem Sergianniho Caracciola, velkého siniscalca a milence královny Giovanny. Další kaple, například kaple rodin Miroballo, Somma a Caracciolo di Vico, jsou bohaté na sochy a významné sepulkrální památky. Na stěnách jsou fresky z Giottovy školy, které zobrazují výjevy z klášterního života a narození Panny Marie. Napravo od presbytáře se nachází kaple Caracciolo di Vico, sakristie, oltář Madony delle Grazie a pohřební památník Miroballo.Součástí kostela bylo také šestnáct děl Giorgia Vasariho, vytvořených pro sakristii kostela. Deskové malby objednal v roce 1545 řád augustiniánů a Vasari je realizoval v roce 1546 za spolupráce Cristofana Gherardiho, jednoho ze svých nejtalentovanějších spolupracovníků. Jednalo se o 16 deskových obrazů, které zdobily dveře skříní v sakristii a zobrazovaly Příběhy ze Starého zákona a Epizody ze života Jana Křtitele. Nádherná díla prošla náročným restaurováním a byla vystavena také v Capodimonte.
