Chiesa di San Francesco bola založená okolo polovice ' 200 San Francesco, ktorý v týchto rokoch zostal v Massa Marittima na podporu tvorby prvého jadra bratov rádu. Štruktúra kostola, pripevnená k kláštoru, je mimoriadne jednoduchá, v gotickom štýle s jednou loďou a ogiválnymi podpornými oblúkmi a bola pôvodne umiestnená v mestských hradbách. Exteriér bol charakterizovaný veľkými špicatými oknami. Kostol prešiel mnohými renováciami, najmä kvôli poklesu v dôsledku zemetrasení, a loď bola znížená v roku 1529 a niekoľkokrát v XVIII a XIX storočí. Dnes z pôvodnej štruktúry zostáva iba časť apsidy a časť lode, zatiaľ čo vo vnútri je hrobka Bindoccia, syn Margherity Aldobrandeschi a Nello Pannocchieschi (ženatý v prvom manželstve s PIA Dei Tolomei). V blízkosti troch oltárov sa nachádza niekoľko obrazov Raphaela Vanniho zo sedemnásteho storočia.
