Kostol vznikol pričlenením viacerých architektonických štruktúr: dvojité schodisko na fasáde skrýva vstup do pod ním stojaceho kostola Útechy v Carbonare; stredný portál vedie do kaplnky svätej Moniky, ten naľavo do bočného vchodu kostola svätého Jána.Je to jeden z najbohatších kostolov v meste.Krásny kostol bol postavený vďaka šľachticovi Gualtierovi Galeotovi, ktorý v rokoch 1339 až 1343 daroval otcom augustiniánom pozemok za mestskými hradbami nazývaný "ad carbonetum", čo im umožnilo založiť kláštor a kostol (Via Carbonara sa dodnes nazýva preto, lebo v stredoveku to bolo miesto na zber odpadkov za mestskými hradbami).S príchodom kráľa Ladislava z Durazzu do Neapola sa začala kompletná prestavba kostola, ktorý v podstate nadobudol dnešnú podobu s výnimkou niektorých úprav a dostavieb v nasledujúcich storočiach. Dôležitý vchod dáva tušiť význam kostola: vedie k nemu monumentálne schodisko, ktoré v 18. storočí postavil Ferdinando Sanfelice, ktorý vytvoril dvojité schodisko, aby vyriešil problém výškových rozdielov medzi ulicou a rôznymi vstupmi do budov tvoriacich zložitú architektonickú štruktúru.K celému komplexu patria ďalšie dve bohoslužobné budovy, ktorými sú Kostol Santa Monica a Kostol útechy v Carbonare; v blízkosti sa nachádza aj ďalší kostol, Kostol Pietatella v Carbonare. Vo vnútri monumentálneho kostola San Giovanni a Carbonara, postaveného na obdĺžnikovom pôdoryse, stojí mauzóleum kráľa Ladislava, postavené v rokoch 1414 až 1428 a bohato zdobené alegorickými postavami.Za ním sa nachádza kaplnka Caracciolo del Sole s pomníkom Sergianniho Caracciola, veľkého siniscalca a milenca kráľovnej Giovanny. Aj ďalšie kaplnky, napríklad kaplnky rodín Miroballo, Somma a Caracciolo di Vico, sú bohaté na sochy a významné sepulkrálne pamiatky. Na stenách sa nachádzajú fresky z Giottovej školy, ktoré zobrazujú scény z kláštorného života a narodenia Panny Márie. Vpravo od presbytéria sa nachádza kaplnka Caracciolo di Vico, sakristia, oltár Madonna delle Grazie a pohrebný pomník Miroballo.Súčasťou kostola bolo aj šestnásť diel Giorgia Vasariho, ktoré vytvoril pre sakristiu kostola. Panelové maľby boli vytvorené na objednávku rádu augustiniánov v roku 1545 a Vasari ich realizoval v roku 1546 v spolupráci s Cristofanom Gherardim, jedným z jeho najtalentovanejších spolupracovníkov. Išlo o 16 obrazov na doskách, ktoré zdobili dvere skríň v sakristii a zobrazovali Príbehy zo Starého zákona a Epizódy zo života Jána Krstiteľa. Nádherné diela prešli prísnym reštaurovaním a boli vystavené aj v Capodimonte.
