La chiesa di Santa Maria in Cortina si trova di fronte al Teatro Municipale, nel luogo in cui era stata costruita una precedente chiesa, probabilmente per volontà del vescovo Savino (375-420). Fu riedificata tra il X e l'XI secolo.
All'interno della chiesa si trovano affreschi cinquecenteschi sulle volte e nelle lunette del santuario, raffiguranti storie legate alla figura di Maria. Nelle quattro vele si alternano la Natività di Maria, l'Annunciazione, le nozze della Vergine e l'Assunzione della Madonna. Le lunette sulle pareti laterali mostrano la Presentazione al Tempio e frammenti di un affresco con gli Apostoli attorno al sepolcro vuoto di Maria, interrotto da una finestra posteriore.
Gli affreschi sono attribuiti a una sola mano, ad eccezione forse della sezione dell'Assunzione, che presenta una qualità stilistica superiore. Negli scenari architettonici, caratterizzati da un gusto narrativo e da predominanti tonalità cromatiche, si possono percepire influenze da artisti come il Pordenone e la scuola pittorica cremonese. Si ritiene che il ciclo sia opera del pittore locale Remondino o Remondini, vissuto nel XVI secolo, anche se l'attribuzione è ancora oggetto di studio. Gli affreschi sono stati anche attribuiti ai fratelli Veggi, Giovanni e Giacomo, originari di Piacenza.
Sulla parete sinistra dell'aula si conservano anche tracce di pitture murali più antiche, tra cui una lunetta con una figura frammentaria del Redentore, databile tra l'XI secolo e la fine del XII secolo, e una Madonna con Santa monaca, risalente al Quattrocento.
Di grande rilievo è anche il paliotto in scagliola nella terza campata sinistra, che raffigura la Natività di Maria, i Santi Antonino e Giustina, realizzato nel primo quarto del Settecento.
Al centro dell'aula, chiusa da una lastra, si trova un'apertura che indica il pozzo di San Antonino. In realtà, questa apertura è stata creata nel Seicento, mentre il vero mistero della chiesetta si trova nell'ipogeo del IV secolo che si sviluppa sotto il pavimento, ancora da esplorare. L'accesso all'ipogeo avviene tramite un'apertura nella sagrestia, chiusa da una lastra quadrangolare. Attraverso una scala sicura è possibile scendere nel vano sotterraneo rettangolare, con pareti in mattoni lungo la discesa e volta a botte, delle dimensioni di circa 1,80 x 2,30 metri. Si ritiene che questo spazio sia il primo sepolcro di Sant'Antonino, "quasi intatto e che molto probabilmente ha ospitato le spoglie del martire e il fiasco di vetro contenente il suo sangue" (Siboni 1971). Situato a circa 6 metri sotto il livello attuale.