Alimini Grande a été créé par l'érosion continue de la mer, et s'étend sur environ 2,5 km de long et a une profondeur d'environ 4 mètres. Le bassin de l'Alimini Grande est presque entièrement entouré d'une bande rocheuse, richement couverte d'épaisses forêts de pins et de maquis méditerranéen. La partie nord, appelée Palude Traguano, est presque basse et sablonneuse ; on y trouve de nombreuses sources, dont la principale, appelée Zudrea, qui alimente le lac en même temps que la mer. La teneur en sel du lac est presque aussi élevée que celle de la mer, car la mer s'y jette. Le fond du lac est riche en mollusques et une grande partie des fonds marins est riche en Ruppia maritima. L'Alimini Piccolo est généré par de nombreuses sources d'eau douce, et est également appelé Fontanelle. Il s'étend sur environ 2 km de long et sa profondeur ne dépasse pas un mètre et demi. Le lac, dont les rives sont basses et plates, est alimenté par la nappe phréatique du canal Rio Grande, elle-même alimentée par les nombreuses sources de la Serra di Montevergine toute proche. Les eaux du lac sont presque toujours douces, mais pendant la saison estivale, avec le phénomène d'évaporation de l'eau, le lac a tendance à devenir salin. La végétation autour des deux bassins d'eau est très riche et on peut admirer diverses espèces végétales, dont l'orchidée des marais, extrêmement rare, la châtaigne d'eau, une espèce menacée en Italie, composée de gros fruits qui ressemblent à des châtaignes, et l'utriculaire, une plante carnivore dotée de minuscules peignes qui, dès qu'ils sont touchés par des insectes, ouvrent des vessies qui aspirent les proies à l'intérieur. L'avifaune de la réserve est très riche, composée d'espèces migratrices telles que la cigogne blanche, le flamant rose, les grues et les oies sauvages, ainsi que quelques groupes de cygnes. Parmi les autres oiseaux aquatiques, citons les canards colverts, les grèbes, les garganes, les foulques, les spatules, les poules d'eau et les échasses à ailes noires. Des espèces d'oiseaux de proie comme le busard cendré et le busard des roseaux, le faucon crécerelle, le milan, le faucon pèlerin, la buse et l'aigle impérial sont également présents. Il existe également des oiseaux de proie nocturnes tels que le hibou grand-duc, la chouette hulotte, le hibou et l'effraie des clochers. Dans les bois entourant les lacs, il est possible de trouver des pinsons, des grives, des étourneaux, des merles, des troglodytes, des rossignols et des pics, des faisans et des cailles. Les lacs abritent également de nombreux reptiles, tels que la tortue d'eau et de terre, les serpents d'eau, le cervone, la vipère commune et le colobe léopard. Très communs sont les crapauds, qui atteignent souvent une taille considérable grâce à la quantité généreuse de nourriture, les grenouilles, les salamandres et le triton italique. Les mammifères les plus communs sont ceux plus typiques du biome méditerranéen, comme les rongeurs tels que les écureuils, les mulots, les loirs, les lapins sauvages et le loir, le grand porc-épic, les blaireaux, les belettes, les fouines, les putois, les hérissons, les furets et les grands sangliers. Les premières informations certaines sur les lacs remontent à 1219 lorsque, dans un acte officiel, l'empereur Frédéric II en attribue la troisième partie à la cantine archiépiscopale de la ville d'Hydruntina. Au Moyen Âge, cette région était florissante avec des villes, des villages, des hameaux et des monastères basiliens, mais l'invasion des Turcs en 1480 a entraîné l'abandon de cette belle région du Salento. En fait, les colons se sont réfugiés dans les villages voisins, protégés par des murs et des châteaux fortifiés. La résurgence de l'intérêt économique pour la région d'Alimini s'est produite au 18ème siècle, une période au cours de laquelle divers litiges juridiques sur les droits de propriété ont commencé. Entre 1600 et 1800, il était d'usage de louer les lacs pour la valliculture et la coupe des roseaux. En 1738, le prince de Muro, Giovanni Battista Protonobilissimo, loue le grand lac pour deux ans à Emanuele Martina, "marchand public de la ville de Lecce, avec tous les jussi individuels, droits, produits et raisons de la pêche de ce lac, à raison de 200 ducats par an" ("Platea"). De tous les revenus, la troisième partie était due à la cantine archiépiscopale d'Otrante. Une "Platea" de 1787 montre que l'embouchure de la rivière, par laquelle les lacs communiquent avec la mer, "s'ouvrait vers la fin du mois d'avril ou au début du mois de mai, et alors les poissons commençaient à entrer ; et cela continuait jusqu'à ce qu'elle se referme en août ou juillet. Et puis la pêche a été faite ; plusieurs sortes de poissons ont été pêchés, comme des mulets, des aiguillats, des anguilles et d'autres sortes de poissons, tous de qualité réputée". En 1886, suite à la suppression des biens ecclésiastiques, la troisième partie des étangs, propriété de la cantine de l'archevêque, passe à l'État. Les deux tiers restants ont également été repris par l'État, qui a concédé les eaux en lotissement privé avec des droits de pêche exclusifs, pour une durée maximale de 99 ans. En 1800, la campagne entourant les lacs était désolée et dépourvue de végétation. Il n'y avait que quelques fermes, dont certaines étaient inhabitées la majeure partie de l'année en raison de l'air nocif produit par les marécages. Dans cette région, le risque de contracter la malaria était très élevé en été, lorsque les zones marécageuses s'asséchaient. Les agriculteurs les plus vaillants se rendaient dans leurs champs pendant l'hiver pour labourer et semer, et y retournaient au moment de la récolte et du battage. La peur de la contagion était toujours présente, c'est pourquoi ils essayaient de terminer le travail le plus rapidement possible. A certaines périodes de l'année, et avec peu de profit, les terres autour des réservoirs étaient utilisées pour faire paître le bétail.