Alimini Grande foi gerado pela erosão contínua do mar, e estende-se por cerca de 2,5 km de comprimento e tem uma profundidade de cerca de 4 metros.A bacia de Alimini Grande está quase completamente rodeada por uma faixa rochosa, ricamente coberta por densos pinhais e mato mediterrânico. O troço norte, chamado Palude Traguano, é quase baixo e arenoso; aqui existem numerosas nascentes, incluindo a principal chamada Zudrea, que alimenta o lago juntamente com o mar. O teor de sal do lago é quase tão alto como o do mar, porque o mar corre para ele. O leito do lago é rico em moluscos e uma grande parte do fundo do mar é rico em Ruppia maritima.Alimini Piccolo é gerado por numerosas nascentes de água doce, e é também chamado Fontanelle. Estende-se ao longo de cerca de 2 km de comprimento e a profundidade não excede um metro e meio. O lago, que tem margens baixas e planas, é alimentado pelo lençol freático do canal do Rio Grande, que por sua vez é gerado pelas numerosas nascentes da vizinha Serra di Montevergine. As águas do lago são quase sempre frescas, mas durante a época estival, com o fenómeno da evaporação da água, o lago tende a tornar-se salino.A vegetação em torno das duas bacias hidrográficas é muito rica e várias espécies vegetais podem ser admiradas, incluindo a extremamente rara orquídea dos pântanos, a castanha-de-água, uma espécie em vias de extinção em Itália, composta por grandes frutos que se parecem com castanhas, e a erva bexiga, uma planta carnívora com pentes minúsculos que, logo que são tocados por insectos, abrem bexigas que sugam as presas no seu interior.A avifauna da reserva é muito rica, consistindo em espécies migratórias como a cegonha branca, o flamingo, grou e gansos selvagens, bem como alguns grupos de cisnes. Outras aves aquáticas incluem patos-reais, mergulhões, garganjas, galeirões, colhereiros, galeirões e palafitas de asas pretas. Também estão presentes aves de rapina, tais como galinhas harriers e pântanos harriers, peneireiros, papagaios, falcões peregrinos, abutres e águias imperiais. Há também aves de rapina nocturnas, tais como corujas de águia, corujas de marfim, corujas e corujas de celeiro.Nos bosques que rodeiam os lagos é possível encontrar tentilhões, tordos, estorninhos, melros, melros, rugas, rouxinóis e pica-paus, faisões e codornizes. Os lagos são também o lar de numerosos répteis, tais como a tartaruga-de-água e terrestre, cobras-de-água, o cervone, a víbora comum e o leopardo coluber. Muito comuns são os sapos, que frequentemente atingem um tamanho considerável graças à generosa quantidade de comida, sapos, salamandras e o tritão italiano.Os mamíferos mais comuns são os mais típicos do bioma mediterrânico, tais como roedores como esquilos, ratos do campo, ratazanas, dormitórios, coelhos selvagens e o dormitório, o grande porco-espinho, texugos, doninhas, martas de faia, doninhas, ouriços, furões e grandes javalis.As primeiras informações sobre os lagos datam de 1219 quando, numa escritura oficial, o Imperador Frederico II atribuiu a terceira parte dos mesmos à Cantina Arquiepiscopal da cidade de Hydruntina. Na Idade Média, esta zona floresceu com cidades, aldeias, aldeias e mosteiros basilianos, mas a invasão dos turcos em 1480 causou o abandono desta bela zona do Salento. De facto, os colonos refugiaram-se em aldeias próximas, protegidas por muralhas e castelos fortificados.O ressurgimento do interesse económico na zona de Alimini ocorreu no século XVIII, um período em que várias disputas legais sobre direitos de propriedade tiveram início. Entre 1600 e 1800, era costume alugar os lagos para a vallicultura e o corte de caniço. Em 1738, o príncipe de Muro, Giovanni Battista Protonobilissimo, alugou o grande lago por dois anos a Emanuele Martina, "um comerciante público na cidade de Lecce, com todos os jussi individuais, direitos, rendimentos e razões para a pesca deste lago, à taxa de 200 ducados por ano" ("Platea"). De todas as receitas, a terceira parte era devida à Cantina Arquiepiscopal de Otranto.Uma 'Platea' de 1787 mostra que a foz do rio, através da qual os lagos comunicavam com o mar, 'costumava abrir no final de Abril, ou no início de Maio, e depois os peixes começaram a entrar; e continuou até voltar a fechar em Agosto ou Julho. E então a pesca foi feita; vários tipos de peixe foram capturados, tais como tainha, galhudo malhado, enguias e outros tipos de peixe, todos de qualidade famosa".Em 1886, após a supressão da propriedade eclesiástica, a terceira parte dos tanques, propriedade da Cantina do Arcebispo, passou para o Estado. Os dois terços restantes foram também assumidos pelo Estado, que concedeu as águas em loteamento privado com direito exclusivo de pesca, por um período máximo de 99 anos. Em 1800, a zona rural em redor dos lagos estava desolada e desprovida de vegetação. Havia apenas algumas quintas, algumas das quais desabitadas durante a maior parte do ano devido ao ar nocivo produzido pelos pântanos. Nesta zona, o risco de contrair malária era muito elevado no Verão, quando as zonas pantanosas secavam. Os agricultores mais corajosos foram para os seus campos durante o Inverno para lavrar e semear, e regressaram lá na altura da colheita e da debulha. O medo do contágio esteve sempre presente, razão pela qual tentaram terminar o trabalho o mais rapidamente possível. Em certas alturas do ano, e com pouco lucro, a terra em redor dos reservatórios era utilizada para pastoreio do gado.