Kloster Eberbach a été fondé en 1136 par Bernard de Clairvaux comme premier monastère cistercien sur la rive est du Rhin, sur le site d'une précédente fondation monastique d'Adalbert de Mayence, qui avait été occupée d'abord par des chanoines augustins puis par des moines bénédictins, mais qui n'avait pas réussi à s'établir.
Eberbach est rapidement devenu l'un des plus grands et des plus actifs monastères d'Allemagne. De nombreuses autres fondations ont été créées à partir de ce monastère : L'abbaye de Schönau près de Heidelberg en 1142, l'abbaye d'Otterberg dans le Palatinat en 1144, l'abbaye de Gottesthal près de Liège en 1155 et l'abbaye d'Arnsburg dans le Wetterau en 1174. À son apogée aux XIIe et XIIIe siècles, la population est estimée à une centaine de moines et plus de 200 frères laïcs.
Le réfectoire des frères laïcs, qui abrite 12 pressoirs historiques de l'abbaye d'Eberbach L'abbaye d'Eberbach a également connu un grand succès économique, principalement grâce aux bénéfices tirés de la culture des vignes et de la production de vin. Au moins 14 membres de la famille des comtes de Katzenelnbogen ont été enterrés dans l'église. Parmi eux se trouvait le comte Johann IV de Katzenelnbogen, qui fut le premier à planter des vignes de Riesling, dans un nouveau vignoble situé dans le village voisin de Rüsselsheim, alors que les moines d'Eberbach cultivaient encore des raisins rouges comme le Grobrot, le plus ancien cépage enregistré à Eberbach. Vers 1525, on dit que l'abbaye possédait un énorme tonneau de vin d'un volume compris entre 50 000 et 100 000 litres. L'abbaye a subi de graves dommages pendant la guerre de Trente Ans. Aujourd'hui, les vignobles de l'abbaye d'Eberbach étaient, avec 300 hectares, les plus grands de l'Europe médiévale. La plupart d'entre eux sont aujourd'hui la propriété du Land de Hesse et sont gérés par la Hessische Staatsweingüter GmbH Kloster Eberbach, qui gère la plus grande zone de production de vin en Allemagne, comprenant des vignobles sur les pentes de la vallée du Rhin.