Ce musée unique en son genre est consacré aux 6 000 ans d'histoire du pain, base indispensable de la culture et de la civilisation humaines. Il doit sa création et sa croissance à l'engagement personnel, pendant des décennies, de Willy Eiselen (1896-1981) et de son fils Hermann Eiselen (né en 1926). Tous deux s'occupaient de la fabrication et de la vente d'ingrédients de boulangerie et faisaient partie des principaux fournisseurs du secteur de la boulangerie.
Les deux entrepreneurs ont fondé le musée sous le nom de "Musée allemand du pain" en 1955 sous forme d'association. La première exposition permanente date de 1960. C'était le premier et pendant de nombreuses années le seul musée de ce type au monde. Il s'agissait d'une institution strictement privée financée par les fondateurs. En 1991, le financement du musée a été repris par la Fondation Eiselen, une institution caritative indépendante ; en même temps, le musée a déménagé dans la Salzstadel, un entrepôt historique au centre d'Ulm.
C'est là que le musée s'est développé et qu'il a accueilli en 2004 son millionième visiteur.
