Druhou verzí Panny Marie ze skal je olejomalba na desce od Leonarda da Vinciho, datovaná do let 1494-1508. První verze obrazu je v muzeu Louvre. Spolubratři Neposkvrněného početí Marie z Milána zadali malbu pro svůj oltář v kostele San Francesco Maggiore mladému umělci Leonardovi. Velmi podrobné smlouvy uvedené složení s Madona mezi anděly, proroky a Boha Otce, který v blíže neurčené chvíli byla pestrá malíře, se rozhodly pro setkání mezi Ježíše a Svatého Jana v poušti, v přítomnosti Mary a anděl.
