Originile Mănăstirii Kostomarovsky Spassky nu sunt cunoscute cu certitudine, dar se crede că a fost fondată ca mănăstire în secolul al XVII-lea de către călugări din Ucraina care s-au stabilit aici împreună cu cazacii. Este posibil, însă, ca mănăstirea să fie de fapt mult mai veche și există chiar o teorie conform căreia ar data din perioada în care creștinismul a fost introdus pentru prima dată în Rusia.
Prima atestare scrisă reală a mănăstirii datează de la sfârșitul secolului al XVIII-lea, când este menționată ca un skete al Mănăstirii Belogorsky Voskresensky. După Revoluție, mănăstirea a fost închisă, deși unii călugări au rămas aici în secret. Unul dintre acești călugări a fost bătrânul Piotr, care, atunci când a fost descoperit la sfârșitul anilor 1930, a fost întemnițat și se spune că ar fi murit ulterior în închisoare. În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, fosta mănăstire se afla pe teritoriul ocupat și se spune că unii localnici s-au ascuns în peșteri. La scurt timp după război, Catedrala Mântuirii a fost permisă să se redeschidă, dar în 1959 a fost din nou închisă în urma politicii antireligioase a lui Hrușciov. În 1997, teritoriul a fost returnat Bisericii Ortodoxe și redeschis, dar ca mănăstire și nu ca mănăstire.
