Po dobytí Atén Osmanskou ríšou došlo k významnej zmene v krajine mesta. Sultánov edikt umožnil, aby sa Atény stali multietnickým mestom, pričom počas okupácie režimu bolo nariadené chrániť a znovu využívať väčšinu chrámov a pamiatok na verejné účely.V roku 1759 nariadil osmanský guvernér Atén Mustafa Agha Tzistarakis výstavbu mešity na námestí Monastiraki. Tzistarakis však v rozpore so sultánovým nariadením dohliadal na zničenie jedného zo stĺpov starovekého gréckeho chrámu, o ktorom sa predpokladalo, že je to buď chrám Olympského Dia, alebo Hadriánova knižnica, aby získal vápno na stavbu mešity.Tento čin viedol k miestnym poverám, keďže sa verilo, že zničenie chrámov prinesie epidémie. Rozzúrení miestni obyvatelia následne tlačili na sultána, aby Tzistarakisa vypovedal z Atén ako formu zmierenia. Napriek tomu toto vykázanie nestačilo, pretože Tzistarakis bol neskôr zavraždený.Tzistarakisova mešita, štvorcová dvojpodlažná budova s polguľovou kupolou na osemhrannej základni, slúžila ako mešita až do gréckej vojny za nezávislosť. Po získaní nezávislosti od Osmanov grécka vláda budovu znovu využila na rôzne účely vrátane zasadacej sály pre starších, väznice, kasární, skladu a miesta na vojenské koncerty a podujatia. Minaret, ktorý budovu zdobil, bol zničený niekedy v rokoch 1839 až 1843.V roku 1915 prešla budova rekonštrukciou a v roku 1918 bola znovu otvorená ako Múzeum gréckych remesiel. V roku 1920 pribudli na prízemí ďalšie kancelárie a v roku 1923 bolo múzeum premenované na Múzeum dekoratívnych umení. V roku 1966 bola budova dočasne zrekonštruovaná, aby slúžila ako modlitebňa pre saudskoarabského kráľa Saúda počas jeho návštevy Atén. Od roku 1975 funguje aj ako prístavba Múzea gréckeho ľudového umenia. Po zemetrasení v roku 1981 bola budova zrekonštruovaná a v roku 1991 opäť otvorená pre verejnosť, pričom sa v nej na muzeálne účely nachádzajú ďalšie výstavné priestory. Táto spletitá história ukazuje, ako bola Tzistarakisova mešita trvalou súčasťou aténskeho dedičstva a ako sa v priebehu storočí vyvíjala a plnila rôzne úlohy.
