Com a conquista otomana de Atenas, deu-se uma mudança significativa na paisagem da cidade. O édito do Sultão permitiu que Atenas se tornasse uma cidade multiétnica, com uma diretiva para proteger e reutilizar a maioria dos templos e monumentos para uso público durante a ocupação do regime.Em 1759, Mustapha Agha Tzistarakis, o governador otomano de Atenas, ordenou a construção de uma mesquita na Praça Monastiraki. No entanto, numa ação que contrariava o édito do sultão, Tzistarakis supervisionou a destruição de um dos pilares de um antigo templo grego, que se acredita ser o Templo de Zeus do Olimpo ou a Biblioteca de Adriano, para obter cal para a construção da mesquita.Este ato deu origem a uma superstição local, pois acreditava-se que a destruição de templos traria epidemias. Consequentemente, os habitantes locais enfurecidos pressionaram o Sultão a exilar Tzistarakis de Atenas como forma de apaziguamento. No entanto, este exílio não foi suficiente, pois Tzistarakis foi mais tarde assassinado.A Mesquita de Tzistarakis, um edifício quadrado de dois andares com uma cúpula hemisférica numa base octogonal, serviu de mesquita até à Guerra da Independência da Grécia. Após a independência dos otomanos, o governo grego reorientou o edifício para várias utilizações, incluindo uma sala de reuniões para anciãos, uma prisão, um quartel, um armazém e um local para concertos e eventos militares. O minarete, que ornamentava o edifício, foi destruído algures entre 1839 e 1843.Em 1915, o edifício foi renovado e reabriu em 1918 como Museu do Artesanato Grego. Em 1920, foram acrescentados escritórios adicionais ao rés do chão e, em 1923, o museu passou a designar-se Museu de Artes Decorativas. Em 1966, o edifício foi temporariamente remodelado para servir de local de oração para o Rei Saud da Arábia Saudita durante a sua visita a Atenas. Desde 1975, funciona também como anexo do Museu de Arte Popular Grega. Após um terramoto em 1981, o edifício foi restaurado e reaberto ao público em 1991, dispondo de um espaço de exposição adicional para fins museológicos. Esta história intrincada mostra como a Mesquita Tzistarakis tem sido uma parte duradoura do património de Atenas, evoluindo para servir vários papéis ao longo dos séculos.