La mezquita está dividida en dos secciones: La oriental, llamada Beit al-Salah, está dedicada a la oración. Parte de su decoración es de estilo francés, con tallas de madera. La sección occidental, "Al-Sahn", es un gran patio que alberga la fuente para las abluciones y una torre del reloj de cobre amarillo, regalo del rey Luis Felipe de Francia.
Dentro de las murallas hay numerosos edificios, entre ellos tres mezquitas y un palacio. La mayoría de ellos se erigieron tras la muerte de Saladino. Además, por desgracia, muchas de las construcciones originales fueron demolidas en los años siguientes y sustituidas por nuevos edificios. Mezquita de Mohammed Ali: fue construida por el sultán Mohammed Ali Pasha, que llegó al poder en 1805. Se la conoce como la Mezquita de Alabastro, ya que este material predomina en la construcción del estilo barroco otomano, y recuerda a Agia Sofia en Estambul, ya que fue diseñada por el mismo ingeniero. Con su impresionante cúpula de 52 metros de altura, sostenida por cuatro columnas, y sus dos minaretes de estilo turco, domina el paisaje de la ciudad desde la parte más alta de El Cairo. Hay cuatro cúpulas más pequeñas en las cuatro esquinas de la mezquita y más de 100 vidrieras de colores en las paredes y las cúpulas que producen un bello efecto en el interior.
Tumba de Mohammed Ali: está a la derecha de la entrada de la mezquita. La tumba, de tres niveles, fue construida en mármol blanco y está bellamente decorada con flores cinceladas y pintadas.