Tingnan mga termino ng paggamit para sa mga detalye. Isang sinagoga ay nakatayo sa site dahil hindi bababa sa ika-9 na siglo at nagsilbi bilang ang lugar ng pagsamba para sa Ehipto Jewish komunidad ng hanggang sa isang mass pag-aalisan ng Israel sa ang 1950s. Sa buong kasaysayan nito, ang mga sinagoga ay itinayong muli.
Ang orihinal na gusali ay punit-punit down sa paligid 1012 pagkatapos ng Fatimid caliph Al-Hakim bi-Amr Ala iniutos ang pagkawasak ng lahat ng mga Hudyo at mga Kristiyano na mga lugar ng pagsamba. Ang mga sinagoga ay itinayong muli sa pagitan ng 1025 – 1040 at pagkatapos ay ganap na itinayong muli ng isa pang oras sa 1890s. Tulad ng halos lahat ng Ehipto sinagoga, Ben Ezra ay isang turista-akit at museum ngayon.