Le origini del paese sono remote, come è testimoniato dalle tombe e dai vasi rinvenuti nel territorio.Secondo la tradizione Miglionico fu fondata da Milone, dal quale deriverebbe anche il nome della città; questi fu un celebre atleta di Crotone del VI secolo a.C., vincitore nella battaglia contro Sibari, e definito olimpionico in quanto più volte vincitore come lottatore nei Giochi Olimpici. Secondo un'altra interpretazione invece il Milone fondatore di Miglionico fu Milone di Taranto, un luogotenente di Pirro che prese parte anche alla battaglia di Heraclea, che giunto sulle colline tra il Bradano ed il Basento vi fondò una colonia militare chiamandola Miglionico. Milone munì Miglionico di grandi mura, come recita la frase Milo Magnus Miles Me Munivit Magnis Muris, rappresentata dalle sette M iniziali presenti sullo stemma del comune. Dopo la colonizzazione greca, divenne città lucana, poi passò sotto i Sanniti fino al 458 a.C., anno in cui fu espugnata dai Romani. La storia di questo centro è strettamente legata comunque a quella del suo imponente castello. La città fu fortificata prima dai bizantini e poi dai normanni. Nel periodo di dominio aragonese, Miglionico divenne famoso in quanto nel castello del paese, appartenente alla famiglia Sanseverino, si riunirono tutti i baroni del regno, ribelli a Ferdinando I d'Aragona, re di Napoli, per simulare un atto di sottomissione al re in attesa degli aiuti del Papa.
Successivamente il feudo fu dominio di diverse famiglie nobiliari.
Molto belle sono la chiesa Madre di Santa Maria Maggiore, con un bellissimo portale rinascimentale, la piccola chiesa della Trinità, con affreschi della metà XV secolo e la chiesa di San Francesco, affiancata da un piccolo convento nel cui interno è conservato il meraviglioso polittico di Cima di Conegliano del 1499.
