En plats för djup helighet, kryptan valdes av St. Charles Borromeo som en personlig plats för bön, där han gick varje onsdag och fredag eftermiddag. Det var inte ovanligt att se honom tillbringa hela nätter i vad han själv kallade "den Helige Andes gym" i tillbedjan av Kristi gravs simulakrum. Av denna anledning, efter hans kanonisering, placerades en polykrom terrakottastaty som skildrade Saint kneeling framför sarkofagen.
Kryptan gör det också möjligt för besökare att komma i kontakt med ett av de äldsta vittnesmålen i stadens historia. Stenbeläggningen, som består av stora plattor av vit sten "Verona", kommer i själva verket från stenbeläggningen av det antika romerska forumet av det fjärde århundradet, det stora torget i det romerska civitas, där de stora civila och religiösa aktiviteterna ägde rum.
Återupptas till allmänheten efter femtio år i 2016, därefter var kryptan föremål för en komplex restaureringsoperation finansierad av MIBAC och slutade i slutet av våren 2019, som huvudsakligen syftade till återhämtning av de dekorerade ytorna. Tack vare restaureringen har faktiskt underbara fresker och dekorationer återuppstått, såsom prydnadscykeln med stjärnor och växtelement på presbyteriets valv, som dateras till slutet av det trettonde århundradet. Har återställts, även de två vackra och intensiva korsfästelser (en på skalan, gå av, den andra fjortonde-talet i presbytery), tre stående figurer av Maria Magdalena, Johannes Döparen och St Helena, moderen till Konstantin (eller kanske santa Caterina d ' Alessandria), kvällsmat i Simons hus i den vänstra flygeln av presbytery, fresker Madonna av Loreto och Madonna och Saints Rocco och Johannes Döparen i lobbyn och stuckatur och dekorationer av sjuttonhundratalet i apsen, avbildad med passionens instrument.
