Mjesto duboke svetosti, kripta je odabrala San Carlo Borromeo kao osobno molitveno mjesto na kojem je hodao svake srijede i petka poslijepodne. Nije bilo neuobičajeno vidjeti ga da provede cijele noći u onome što je sam nazvao "gimnazijom Duha Svetoga", u štovanju Simulakru Kristovog lijesa. Iz tog razloga, nakon kanonizacije, postavljen je polikromni terakotni kip koji prikazuje sveca koji kleči ispred sarkofaga.
Kripta također omogućuje posjetiteljima da dođu u dodir s jednim od najstarijih dokaza u povijesti grada. Popločavanje, koje se sastoji od velikih ploča bijelog kamena "Verone", zapravo dolazi od popločavanja drevnog rimskog foruma iz 4. stoljeća, glavnog trga Rimskog Civita, gdje su održane najveće civilne i vjerske aktivnosti.
Ponovno otvoren za javnost nakon pedeset godina u 2016. godini, kripta je kasnije bila predmetom složene obnove koju financira MIBAC, a kulminirala je krajem proljeća 2019. s ciljem uglavnom obnove ukrašenih površina. Zahvaljujući restauraciji, doista su se pojavile prekrasne freske i ukrasi, kao što su dekorativni ciklus zvijezda i biljnih elemenata na trezorima prezbiterije koji datiraju iz kraja dvjesto. Također su obnovljena dva lijepa i intenzivna raspeća (jedan na stepenicama dolje, drugi trinaestog stoljeća u prezbiteriji), tri stoji figure Magdalene, Ivana Krstitelja i Elene, Konstantinove majke (ili možda Svete Katarine Aleksandrijske), večera u Simonovoj kući u lijevom krilu prezbiterija, freske šesnaestog stoljeća Madonna Di Loreto i Madonna i Santi Rocco i Giovanni Battista u atriju i štuko i ukras sedamnaestog stoljeća apside, s prikazom alata strasti.
