Et sted med dyb hellighed, krypten blev valgt af St. Charles Borromeo som et personligt sted for bøn, hvor han gik hver onsdag og fredag eftermiddag. Det var ikke ualmindeligt at se ham tilbringe hele nætter i det, han selv kaldte" Helligåndens gym", i tilbedelse af Kristi Gravs simulacrum. Af denne grund blev der efter hans kanonisering placeret en polychrome terracotta-statue, der skildrer helgen, der knælede foran sarkofagen.
Krypten giver også besøgende mulighed for at komme i kontakt med et af de ældste vidnesbyrd i byens historie. Belægningen, der består af store plader af hvid sten 'af Verona', kommer faktisk fra belægningen af det gamle romerske Forum i det fjerde århundrede, det centrale torv i Den Romerske civitas, hvor de store civile og religiøse aktiviteter fandt sted.
Genåbnet for offentligheden efter halvtreds år i 2016 blev krypten efterfølgende genstand for en kompleks restaureringsoperation finansieret af MIBAC og afsluttet i slutningen af foråret 2019, der hovedsageligt var rettet mod genopretning af de dekorerede overflader. Takket være restaureringen er faktisk vidunderlige fresker og dekorationer dukket op igen, såsom den dekorative cyklus med stjerner og planteelementer på hvælvingerne i presbyteriet, der stammer fra slutningen af det trettende århundrede. Er blevet gendannet, også de to smukke og intense korsfestelser (på skalaen, komme i gang, den anden fjortende århundrede i præsteboligen), tre stående figurer af maria Magdalene, Johannes Døberen og st. Helena, mor til Konstantin den store (eller måske santa Caterina d'alessandria), aftensmad i Simon ' s Hus i den venstre fløj af præsteboligen, kalkmalerier af Madonna af Loreto og Den Hellige Madonna og Rocco og Johannes Døberen i lobbyen og stuk og dekorationer af det syttende århundrede, i centrum, skildres med instrumenter af passion.
