Místo hlubokého posvátnost, krypty byl vybrán Svatého Karla Boromejského jako osobní místo modlitby, kam chodil každou středu a pátek odpoledne. Nebylo neobvyklé vidět, jak tráví celé noci v tom, co sám nazval "tělocvičnou Ducha Svatého", v uctívání simulakru Kristovy hrobky. Z tohoto důvodu byla po jeho kanonizaci umístěna polychromovaná Terakotová socha zobrazující svatého klečícího před sarkofágem.
Krypta také umožňuje návštěvníkům kontaktovat jedno z nejstarších svědectví v historii města. Dlažby, skládající se z velkých desek z bílého kamene 'Verona', pochází ve skutečnosti z dlažby starověké Římské Fórum čtvrtého století, hlavní náměstí Římské civitas, kde hlavní civilní a náboženské aktivity konaly.
Znovu otevřena pro veřejnost po padesáti letech v roce 2016, následně kryptě byla předmětem komplexní obnovy operace financované MIBAC a skončil v pozdním jaře 2019, zaměřené především na obnovu zdobené povrchy. Díky obnovení, ve skutečnosti, nádherné fresky a dekorace zabrousil, jako jsou okrasné cyklu s hvězdami a rostlinných prvků na klenbách presbytáře, seznamka na konci třináctého století. Byly obnoveny i dvě krásné a intenzivní ukřižování (jeden na měřítku, vystoupit, další čtrnáctého století v presbytáři), tři stojící postavy máří Magdalény, Jana Křtitele a sv. Helena, matka Konstantina (nebo možná santa Caterina d 'alessandria), večeře v Simon' s House v levém křídle fary, fresky Madonna Loreto a Madona a Svatí, Rocco a Jana Křtitele v hale a štuky a dekorace sedmnáctého století v apsidy, líčený s nástroji umučení.
