Un loc de sacralitate profundă, cripta a fost aleasă de Sfântul Charles Borromeo ca loc personal de rugăciune, unde a mers în fiecare miercuri și vineri după-amiază. Nu era neobișnuit să-l vezi petrecând nopți întregi în ceea ce el însuși numea "sala de sport a Duhului Sfânt", în adorarea simulacrului mormântului lui Hristos. Din acest motiv, după canonizarea sa, a fost plasată o statuie de teracotă policromă înfățișând Sfântul îngenuncheat în fața sarcofagului.
Cripta permite, de asemenea, vizitatorilor să ia legătura cu una dintre cele mai vechi mărturii din istoria orașului. Pavajul, format din plăci mari de piatră albă "din Verona", provine de fapt din pavajul Vechiului Forum Roman din secolul al IV-lea, piața principală a civitas-ului Roman, unde au avut loc principalele activități civile și religioase.
Redeschis pentru public, după cincizeci de ani în 2016, ulterior, cripta a fost subiectul unui complex de restaurare operațiune finanțată de MIBAC și a terminat în primăvara anului 2019, care vizează în principal recuperarea a decorat suprafețe. Datorită restaurării, de fapt, au reapărut fresce și decorațiuni minunate, cum ar fi ciclul ornamental cu stele și elemente de plante pe bolțile presbiteriului, datând de la sfârșitul secolului al XIII-lea. Au fost restaurate, de asemenea, cele două frumoase și intense crucificări (unul pe scară, jos, celălalt al xiv-lea în biserică), trei picioare figuri de maria Magdalena, Ioan Botezătorul și sf. Elena, mama lui Constantin (sau, poate, santa Caterina d ' alessandria), La cina din Casa lui Simon în aripa stângă a presbiteriului, frescele de Madonna de la Loreto și fecioara și Sfinții Rocco și Ioan Botezătorul în hol și stuc si decoratiuni secolului al xvii-lea în absida, descris cu instrumentele de pasiune.
