A mély szentség helyét, a kriptát Borromeo Szent Károly választotta személyes imahelyként,ahol minden szerdán és péntek délután ment. Nem volt ritka, hogy egész éjszakákat töltött abban, amit ő maga "a Szentlélek edzőtermének" nevezett, Krisztus sírjának szimulakrumának imádatában. Ezért kanonizációja után egy polikróm Terrakotta szobrot helyeztek el, amely a szarkofág előtt térdelő szentet ábrázolja.
A kripta lehetővé teszi a látogatók számára, hogy kapcsolatba lépjenek a város történetének egyik legrégebbi tanúvallomásával. Az útburkoló, amely nagy tábla fehér kő "Verona", jön valójában az útburkoló az ókori Római Fórum a negyedik században, a főtér a Római civitas, ahol a fő civil és vallási tevékenység zajlott.
2016-ban ötven év után újra megnyitották a nyilvánosság számára, ezt követően a kriptát a MIBAC által finanszírozott komplex helyreállítási művelet tárgyát képezte, majd 2019 tavaszán fejeződött be, elsősorban a díszített felületek helyreállítását célozva. A restaurálásnak köszönhetően csodálatos freskók és dekorációk kerültek elő, mint például a díszciklus csillagokkal és növényi elemekkel a tizenharmadik század végéről származó presbitérium boltozatain. Visszaállították, továbbá a két gyönyörű, intenzív keresztrefeszítés (a skála, szállj le, a másik a tizennegyedik században a plébánián), három állandó adatok, a mária Magdolna, Keresztelő szent János, vagy a szent. Helena, az anya, a Konstantin (vagy talán santa Caterina d'alessandria), A vacsora, a Simon házába, a bal szárnya a presbitérium, a freskók a Madonna, Loreto, A Madonna, Szentek Rocco, Keresztelő szent János a hallban, valamint a stukkó vagy dekorációt, a tizenhetedik században az apszis, ábrázolja az eszközöket, amelyek a szenvedély.
