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Um lugar de profunda sacralidade, a cripta foi escolhida por São Carlos Borromeo como um lugar Pessoal de oração, onde ele ia todas as quartas e sextas à tarde. Não era incomum vê-lo passar noites inteiras no que ele mesmo chamou de "o ginásio do Espírito Santo", em adoração do simulacro do túmulo de Cristo. Por esta razão, após sua canonização, uma estátua de terracota policromada representando o Santo ajoelhado na frente do sarcófago foi colocada.
A cripta também permite aos visitantes entrar em contato com um dos testemunhos mais antigos da história da cidade. A pavimentação, que consiste em grandes lajes de Pedra Branca 'de Verona', vem de fato da pavimentação do antigo Fórum Romano do século IV, A praça principal da civitas romana, onde as principais atividades civis e religiosas ocorreram.
Reaberta ao público após cinqüenta anos em 2016, posteriormente a cripta foi objeto de uma complexa operação de restauração financiada pelo MIBAC e concluída no final da primavera de 2019, visando principalmente a recuperação das superfícies decoradas. Graças à restauração, de fato, ressurgiram belos afrescos e decorações, como o ciclo ornamental com estrelas e elementos vegetais nas abóbadas do presbitério, datando do final do século XIII. Foram restaurados, também dois belos e intensos crucifixos (um na escala, descer, a outra do século xiv no presbitério), três figuras em pé de maria Madalena, João Batista e st. Helena, mãe de Constantino (ou, talvez, o santa Caterina d'alessandria), A ceia em Casa de Simão, em a asa esquerda do presbitério, os afrescos da capela nossa senhora de Loreto e A de Madonna e Rocco Santos e João Batista no hall de entrada e os estuques e decorações do século xvii, na abside, representado com os instrumentos da paixão.
