Museo Lapidario Estense ir pirmais publiskais muzejs, kas izveidots Modenā. Tās dibināšana ir saistīta ar Austrijas-Estes hercogu Francisu IV, kurš 1828.gada 31. martā pasludināja savu dzimšanu ar Modenese Lapidary muzeja nosaukumu. To iedvesmoja izcili piemēri, piemēram, Maffeiano Lapidary Muzejs Veronā (1738) vai lapidary galerija Chiaramonti muzejā Vatikānā (1800-1823), bet ar savdabīgu pilsonisko aicinājumu, kura mērķis ir pagodināt pilsētas izcilo pagātni kopš tās pirmsākumiem kā Romiešu kolonija Mutina.
Sākotnējais kodols sastāvēja no dažiem gabaliem, kas jau bija saglabāti Doges pilī Modenā, ko Este iegādājās no citām antikvariātu kolekcijām vai kā izrakumu atradumi no Brescello un Novellara hercoga teritorijām. Jau no paša sākuma, iedzīvotāji, sākot ar pārstāvjiem no garīdznieku un muižniecība, apņēmās ziedot Materiālus saviem īpašumiem un finansēt muzeju, kas pēc pāris gadiem reģistrē ievērojamu pieaugumu, kas ir apstiprināts ar diviem uzrakstiem piemiņas viņa labdariem (1828 un 1830) joprojām ir saglabājies. Zinātniskais katalogs publicēts 1830 ar savu pirmo direktoru, Carlo Malmusi, izklāstīti principi, kas iedvesmoja iestādi: " kalpot arheoloģiju "," par atmiņas izcilas senču " un" pētīt progresu vietējo skulptūru ". Papildus atradumiem romiešu laikmeta, patiesībā tas atzinīgi uzreiz atmiņās un arche apbedījumu gadsimtiem ilgi, līdz vēlu septiņpadsmitā gadsimta, tika ievietots kapsētā pie dienvidu pusē katedrāles vai citās svētajās ēkās Modena un Reggio Emilia: prakse radās pat laikmetā protoumanistica, pamatojoties uz tuvākajā Boloņā, atmiņā tiem pilsoņiem, kuri bija jānošķir galvenokārt tiesību jomā un medicīnā.
Pēc Itālijas apvienošanās Museo Lapidario iegādājās jaunas telpas Arsenio Crespellani vadībā, jaunā kataloga autors 1897.gadā. Pēdējais muzeogrāfiskais iekārtojums bija 1938. gada Cesare Giorgi, kas tika atgūts ar pagājušā gadsimta beigu rūpīgu restaurācijas darbu.