L'église et le monastère bénédictin de l'île Sainte-Marie à Mljet sont parmi les plus anciens complexes religieux de l'Adriatique. L'histoire de l'église et du monastère remonte à 1151, lorsque des moines bénédictins des Pouilles, une région du sud de l'Italie sur la péninsule du Gargano, connue sous le nom de Pulsanesi Eremites, ont reçu l'île de Mljet en cadeau ou don du duc de Zahumlje, le souverain actuel des régions actuelles de l'Herzégovine et du Sud de la Dalmatie.
Les moines bénédictins, qui appartenaient à l'Abbaye de Santa Maria di Pulsano de Pulsano (d'où le nom) ont construit le monastère roman et l'église de Sainte-Marie sur l'îlot de Sainte-Marie, sur les ruines du monument sacré déjà existant. La première mention du monastère date des années 1220 lorsque le nom du monastère de Sainte Marie est mentionné dans les documents officiels de l'époque.
Le complexe a été reconstruit et agrandi aux XVe et XVIe siècles lorsque des parties Renaissance ont été ajoutées au bâtiment existant. L'ensemble du monastère a été construit dans le style d'une villa et d'un jardin Renaissance. L'église est très semblable à la Santa Margherita de Bisceglie, Pouilles, Italie, qui a été construite à la même époque (1197). La tour et les murs d'enceinte qui entourent le monastère, l'église et le jardin ont été créés à la fin du XVIIe siècle.
On sait qu'à la fin du XIVe siècle, le monastère a servi de quarantaine, le premier en Croatie, car les moines exerçaient également la pharmacie.
À l'époque, l'ensemble de l'îlot Sainte-Marie était une oliveraie, avec une centaine d'oliviers qui y poussent encore.
Les Bénédictins sont restés en possession de l'île et du monastère jusqu'en 1808, date à laquelle ils ont été abolis par Napoléon Bonaparte, ainsi que la République de Raguse. Ils sont partis le 31.05.1808 et depuis lors, la propriété du monastère est devenue la fondation de l'école. En raison du risque très élevé d'attaques de pirates, l'ensemble du monastère a été fortifié
