l monasterio fue fundado por San Nishan (Sourb Nshan) en el siglo X, durante el reinado de Abas I. El monasterio cercano de Sanahin se construyó en la misma época.
La ubicación del monasterio de Haghpat se eligió para que tuviera vistas al río Debed, en la región de Lori, al norte de Armenia. No se construyó en una cima, sino a media ladera, en un emplazamiento elegido para protegerse y ocultarse de las miradas indiscretas y también en respuesta a una especie de humildad monástica. Un pico en la orilla opuesta del río tiene más de 2.500 metros de altura.
La pequeña iglesia de San Nishan es el edificio más antiguo de Haghpat. Se empezó a construir en 966-67 y posteriormente se amplió y embelleció bajo la dirección del arquitecto Trdat.
La iglesia más grande del complejo, la Catedral de San Nishan, se construyó entre 967 y 991. Es un ejemplo típico de la arquitectura armenia del siglo X; su cúpula central descansa sobre los cuatro imponentes pilares de los muros laterales. Los muros exteriores están salpicados de nichos triangulares. Un fresco en el ábside representa a Cristo Pantocrátor. Su donante, el príncipe armenio Khutulukhaga, está representado en el transepto sur (una nave transversal que se cruza con la nave principal). Los hijos del fundador de la iglesia, los príncipes Smbat y Kurike, aparecen con la reina Khosravanuche en un bajorrelieve en el frontón este. Aparte de una o dos restauraciones menores realizadas en los siglos XI y XII, la iglesia ha conservado su carácter original. La torre del reloj, erigida en 1210, es uno de los ejemplos más bellos de la época medieval en Armenia. El campanario del monasterio, construido en 1245, se distingue del conjunto principal de monumentos y es arquitectónicamente notable.
En el territorio del monasterio hay también varios espléndidos khachkars (cruces de piedra) de los siglos XI-XIII, el más conocido de los cuales es el khachkar "Amenaprkich" (Todo-Salvador), que se mantiene en pie desde 1273.
El monasterio ha sufrido muchos daños. Alrededor de 1130, un terremoto destruyó partes del monasterio de Haghpat y no fue restaurado hasta cincuenta años después. También sufrió numerosos ataques de las fuerzas armadas en sus muchos siglos de existencia y de un gran terremoto en 1988. No obstante, gran parte del complejo sigue intacto y se mantiene en pie sin alteraciones sustanciales.
