l monastero fu fondato da San Nishan (Sourb Nshan) nel X secolo durante il regno del re Abas I. Il vicino monastero di Sanahin fu costruito nello stesso periodo.
La posizione del monastero di Haghpat fu scelta in modo che si affacciasse sul fiume Debed nella regione di Lori, nel nord dell'Armenia. Fu costruito non su un picco, ma a metà di una collina su un sito scelto per offrire protezione e nascondersi da occhi indiscreti e anche in risposta a una sorta di umiltà monastica. Un picco sul lato opposto del fiume è alto più di 2.500 metri.
La piccola chiesa di San Nishan è il primo edificio sopravvissuto di Haghpat. Fu iniziata nel 966-67 e fu poi ampliata e abbellita sotto la direzione di Trdat l'architetto.
La chiesa più grande del complesso, la Cattedrale di San Nishan, fu costruita nel 967-991. È un tipico esempio di architettura armena del decimo secolo, la sua cupola centrale poggia sui quattro imponenti pilastri delle mura laterali. Le pareti esterne sono punteggiate da nicchie triangolari. Un affresco nell'abside rappresenta il Cristo Pantocratore. Il suo donatore, il principe armeno Khutulukhaga, è raffigurato nel transetto sud (una navata trasversale che incrocia quella principale). I figli del fondatore della chiesa, i principi Smbat e Kurike, sono rappresentati con la regina Khosravanuche in un bassorilievo sul frontone est. A parte uno o due restauri minori effettuati nei secoli XI e XII, la chiesa ha mantenuto il suo carattere originale. La torre dell'orologio fu eretta nel 1210 ed è uno degli esempi più belli del suo genere del periodo medievale in Armenia. Il campanile del monastero, costruito nel 1245, si distingue dall'insieme principale dei monumenti, ed è architettonicamente degno di nota.
Ci sono anche un certo numero di splendidi khachkar (pietre incrociate) dei secoli XI-XIII che si trovano sul territorio del monastero, il più noto dei quali è il khachkar "Amenaprkich" (Tutto il Salvatore) che è in piedi dal 1273.
Il monastero è stato danneggiato molte volte. Intorno al 1130, un terremoto distrusse parti del monastero di Haghpat e fu restaurato solo cinquant'anni dopo. Ha anche subito numerosi attacchi da parte delle forze armate nei molti secoli della sua esistenza e da un grande terremoto nel 1988. Ciononostante, gran parte del complesso è ancora intatto e si trova oggi senza alterazioni sostanziali.
