In epoca romana l'isola di Patmos era un luogo di esilio e il discepolo di Gesù, San Giovanni nel 95 d.C. si trovò sull’isola perché condannato appunto all’esilio per due anni. Patmos viene infatti citata esplicitamente nell'opera come luogo in cui Egli avrebbe avuto le sue visioni e scrisse l'Apocalisse, l’ultimo dei 27 libri del Nuovo Testamento. La caverna di Sant’Anna, in cui ciò sarebbe avvenuto è considerata come uno dei luoghi più importanti della cristianità. E per questo Patmos, viene definita la “Gerusalemme del Mediterraneo”. Il monastero venne fondato da San Cristodulo durante il periodo Arabo, nel XI secolo e venne poi intitolato a San Giovanni il Teologo. Patmos era quasi deserta quando questo dotato e istruito monaco, San Cristodulo nel 1088 chiese ed ottenne la gestione di tutta l'isola dall'imperatore bizantino Alessio I Comneno, perché fondasse un monastero in onore di San Giovanni Evangelista. San Cristodulo rimase a Patmos fino al 1108 quando venne costretto ad abbandonarla a causa delle invasioni dei pirati turchi e morì lo stesso anno a Eubea. Il suo sogno però continuò ad ispirare altri monaci i quali continuarono la sua opera nei secoli successivi e ampliarono il monastero tra i secoli XV e XVII. La fondazione del monastero di San Giovanni il Teologo segnò l'inizio un percorso culturale e religioso che portò l'isola ad essere un punto di riferimento per tutto il cristianesimo. Da quel momento iniziò uno sviluppo stupefacente nell'isola di Patmos, non solo dal punto di vista culturale, ma anche da quello economico. Nel corso dei secoli, in quasi un millennio di storia il monastero di San Giovanni è rimasto sempre attivo e conserva affreschi e documenti antichi di grande valore. L'isola di Patmos è stata dichiarata Santa dal patriarcato, dall'atto sinodico e dalla legge 1155/81 dello Stato greco. Il monastero insieme alla città di Chora e alla Grotta dell'Apocalisse sono stati nominati dall'Unesco patrimonio mondiale dell'umanità nel 1999, per il loro alto valore universale. Il monastero visto dall'esterno sembra una fortezza per le sue imponenti mura alte 15 metri. Fu edificato infatti sulla vetta più alta di Patmos con l'idea di costruire un luogo ben difendibile dai pirati. Alla morte del monaco, era stata completata la costruzione delle possenti mura esterne della chiesa principale (il cosiddetto Catholicon) del refettorio e di alcune delle venti celle di cui dispongono oggi i monaci. L'interno del monastero presenta molti cortili, chiostri e 10 cappelle. Nella corte centrale, con tre grandi arcate costruite nel 1698, si trova il Katholikón, formato dalla chiesa principale, dalla cappella di S. Cristodulo e da quella della Vergine. La cappella dedicata alla Vergine ha una pianta rettangolare ed ospita gli affreschi più antichi del monastero, risalenti alla fine del XI secolo. All'interno della chiesa, con pianta a croce greca e cupola centrale, sono presenti una iconostasi del 1820 e alcuni affreschi del XVII sec.