En l'època Romana de l'illa de Patmos va ser un lloc d'exili i el deixeble de Jesús, Sant Joan i en el 95 A. D. va ser a l'illa perquè condemnat a l'exili per dos anys. Patmos és, de fet, explícitament esmentades en l'obra com el lloc on hauria d'haver seves visions i va escriure l'apocalipsi, El Darrer dels 27 llibres del Nou Testament. La cova de Santa Anna, en la qual aquest tindria lloc és considerat com un dels llocs més importants de la Cristiandat. I per aquest motiu Patmos, és anomenada "La Jerusalem de la Mediterrània". El monestir va ser fundat per Sant Cristòfol durant el període Àrab, en el segle XI, i llavors va ser nomenat, després de Sant Joan el teòleg. Patmos estava gairebé deserta quan aquest talentós i educat Monjo, Sant Cristodulo en 1088 demanat i obtingut la gestió de tota l'illa de l'Emperador Bizantí Alexios I Komnenos, per a fundar un monestir en honor de Sant Joan Evangelista. Sant Cristodulo va quedar en Patmos fins 1108 quan es va veure obligat a abandonar-la a causa de les invasions de pirates turcs i va morir el mateix any de la Euboea. El seu somni, no obstant això, va continuar inspirar a altres monjos que va continuar el seu treball en els segles següents i ampliat el monestir entre els segles xv i xvii. La fundació del Monestir de Sant Joan el teòleg va marcar l'inici d'una cultural i religiosa, camí que va portar a l'illa per ser un punt de referència per a tota la Cristiandat. A partir d'aquest moment va començar un sorprenent desenvolupament a l'illa de Patmos, no només des del punt de vista cultural, sinó també des de l'àmbit econòmic. Al llarg dels segles, en gairebé un mil·lenni d'història, El Monestir de San Giovanni sempre ha mantingut activa i conserva frescos i documents antics de gran valor. L'illa de Patmos va ser declarat sant per el Patriarcat, el Sínode Llei i la llei 1155/81 de l'estat grec. El monestir juntament amb la ciutat de Chora i la cova de l'Apocalipsi que van ser nomenats per la Unesco Patrimoni de la Humanitat en 1999, pel seu alt valor universal. El monestir vist des de fora, sembla una fortalesa a causa de la seva imponents parets de 15 metres d'alçada. Va ser construït al pic més alt de Patmos amb la idea de construir un lloc ben defensables des de Pirates. A la mort del monjo, la construcció de les imponents parets exteriors de l'església principal (l'anomenat Catholicon) de la refectori i algunes de les vint cèl·lules disponibles per als monjos d'avui s'havia acabat. L'interior del monestir ha molts patis, Claustres i 10 ermites. En el pati central, amb tres grans arcades construït al 1698, hi ha la Katholikón, format per l'església principal, l'ermita de Sant Cristodulo i la de la Mare de déu. La capella dedicada a la Mare de déu té una planta rectangular i les cases més antigues pintures murals del monestir, que data de finals del segle XI. Dins de l'església, amb una creu grega pla i la cúpula central, hi ha un iconostasis de 1820 i uns frescos del segle xvii.