Das Bodenmosaik der Kathedrale hat eine beachtliche Größe und erstreckt sich über die gesamte Länge des Hauptschiffs. Es besteht aus etwa 600.000 polychromen Mosaiksteinen, die aus lokalem Kalkstein bestehen. Es stellt den Baum des Lebens dar und wurde 1163 von Bischof Gionata in Auftrag gegeben und von dem Mönch Pantaleone aus der Abtei S. Nicola di Casale in Otranto ausgeführt, der das Meisterwerk 1165 vollendete. Eine erste Besonderheit des Mosaiks ist die Tatsache, dass der Name seines Urhebers in Höhe des Haupteingangs eingraviert ist, was zumindest für die damalige Zeit ungewöhnlich ist und wahrscheinlich auf das Privileg zurückzuführen ist, dem Künstler als Dank für den großartigen Erfolg des Werks Anerkennung zu zollen. Wie bereits erwähnt, ist die Bedeutung, die die meisten Experten der Darstellung geben, die des Lebensbaums, aber es gibt kontroverse Theorien und keine Schlussfolgerung wurde jemals erreicht, die alle Denkschulen befriedigt, so dass ein Schleier des Geheimnisses das Werk umgibt. Klar ist jedoch, dass sich rund um den Baum, der sich vom Eingang bis zum Altarraum erstreckt, eine Vielzahl von Szenen aus dem Alten Testament abspielen, die den beschwerlichen Weg des Menschen zur Überwindung der Sünden und zur Erlangung des ewigen Heils symbolisieren: die Ereignisse von Adam und Eva, die von Kain und Abel, die Vorstellung von der Hölle und dem Paradies. Es fehlt nicht an mythologischen und historischen Bezügen, wie etwa zu König Artus und Alexander dem Großen. Sehr auffällig ist auch die Darstellung der zwölf Monate des Jahres, denen ein kreisförmiger Teil gewidmet ist, sowie die Darstellung der jeweiligen jahreszeitlichen Arbeiten. Der Reichtum und die Vielfalt der vorhandenen Elemente und Symbole sind ein weiterer Beweis dafür, dass Otranto schon immer ein Treffpunkt zwischen Kulturen, Völkern und verschiedenen künstlerischen und kulturellen Strömungen war. Die geografische Lage der Stadt hat die Begegnung und den Austausch zwischen dem Westen und dem Osten begünstigt, wobei der Ort oft Angriffen und Invasionen ausgesetzt war, die ihre eigene Kultur mehr als begünstigt haben. Nach Jahrtausenden der Geschichte bleibt eine Reihe von Schätzen, Abdrücken, Zeichen des Durchgangs verschiedener Völker, die die Schätze von Otranto auch und vor allem in künstlerischer Hinsicht bereichert haben.