Con la conquista ottomana di Atene, si verificò un cambiamento significativo nel paesaggio della città. L'editto del Sultano permise ad Atene di diventare una città multietnica, con la direttiva di proteggere e riutilizzare la maggior parte dei templi e dei monumenti per uso pubblico durante l'occupazione del regime.Nel 1759, Mustapha Agha Tzistarakis, governatore ottomano di Atene, ordinò la costruzione di una moschea in piazza Monastiraki. Tuttavia, in contrasto con l'editto del Sultano, Tzistarakis fece distruggere uno dei pilastri di un antico tempio greco, ritenuto il Tempio di Zeus Olimpico o la Biblioteca di Adriano, per ottenere la calce per la costruzione della moschea.Questo atto portò alla superstizione locale, poiché si credeva che la distruzione dei templi avrebbe portato epidemie. Di conseguenza, i locali infuriati fecero pressione sul Sultano affinché esiliasse Tzistarakis da Atene come forma di pacificazione. Tuttavia, l'esilio non fu sufficiente, poiché Tzistarakis fu in seguito assassinato.La moschea di Tzistarakis, un edificio quadrato a due piani con una cupola emisferica su una base ottagonale, servì da moschea fino alla guerra d'indipendenza greca. Dopo aver ottenuto l'indipendenza dagli Ottomani, il governo greco riutilizzò l'edificio per vari usi, tra cui una sala riunioni per gli anziani, una prigione, una caserma, un magazzino e una sede per concerti ed eventi militari. Il minareto, che abbelliva l'edificio, fu distrutto tra il 1839 e il 1843.Nel 1915 l'edificio fu ristrutturato e riaperto nel 1918 come Museo dell'artigianato greco. Nel 1920 furono aggiunti altri uffici al piano terra e nel 1923 il museo fu rinominato Museo delle Arti Decorative. Nel 1966, l'edificio è stato temporaneamente ristrutturato per servire da luogo di preghiera per il re Saud dell'Arabia Saudita durante la sua visita ad Atene. Dal 1975 funge anche da annesso al Museo di Arte Popolare Greca. Dopo il terremoto del 1981, l'edificio è stato restaurato e riaperto al pubblico nel 1991, con uno spazio espositivo aggiuntivo per i suoi scopi museali. Questa intricata storia dimostra come la Moschea di Tzistarakis sia stata una parte duratura del patrimonio di Atene, evolvendosi in vari ruoli nel corso dei secoli.
