Odată cu cucerirea Atenei de către otomani, a avut loc o schimbare semnificativă în peisajul orașului. Edictul sultanului a permis Atenei să devină un oraș multietnic, cu o directivă de a proteja și de a reamenaja majoritatea templelor și monumentelor pentru uz public în timpul ocupației regimului.În 1759, Mustapha Agha Tzistarakis, guvernatorul otoman al Atenei, a ordonat construirea unei moschei în Piața Monastiraki. Cu toate acestea, într-o mișcare care contrazicea edictul sultanului, Tzistarakis a supravegheat distrugerea unuia dintre pilonii unui templu antic grec, considerat a fi fie Templul lui Zeus Olimpian, fie Biblioteca lui Hadrian, pentru a obține var pentru construcția moscheii.Acest act a dus la apariția superstițiilor locale, deoarece se credea că distrugerea templelor ar aduce epidemii. În consecință, localnicii înfuriați au făcut presiuni asupra sultanului pentru a-l exila pe Tzistarakis din Atena, ca formă de împăcare. Cu toate acestea, această izgonire nu a fost suficientă, Tzistarakis fiind ulterior asasinat.Moscheea Tzistarakis, o clădire pătrată cu două etaje, cu o cupolă emisferică pe o bază octogonală, a servit ca moschee până la Războiul de Independență al Greciei. După ce a obținut independența față de otomani, guvernul grec a reconvertit clădirea pentru diverse utilizări, inclusiv ca sală de ședințe pentru bătrâni, închisoare, cazarmă, depozit și loc de desfășurare a concertelor și evenimentelor militare. Minaretul, care împodobea clădirea, a fost distrus cândva între 1839 și 1843.În 1915, clădirea a fost renovată și redeschisă în 1918 ca Muzeu al Meșteșugurilor Grecești. În 1920 au fost adăugate birouri suplimentare la parter, iar în 1923 muzeul a fost redenumit Muzeul de Arte Decorative. În 1966, clădirea a fost renovată temporar pentru a servi drept loc de rugăciune pentru Regele Saud al Arabiei Saudite în timpul vizitei sale la Atena. De asemenea, a funcționat ca anexă a Muzeului de Artă Populară Greacă din 1975. În urma cutremurului din 1981, clădirea a fost restaurată și redeschisă publicului în 1991, oferind un spațiu expozițional suplimentar pentru scopurile sale muzeale. Această istorie complicată arată cum Moscheea Tzistarakis a fost o parte durabilă a patrimoniului Atenei, evoluând pentru a îndeplini diferite roluri de-a lungul secolelor.
