Na época romana, a ilha de Patmos era um lugar de exílio e o discípulo de Jesus, João em 95 D. C. estava na ilha porque condenado ao exílio por dois anos. Patmos é, de fato, explicitamente mencionado na obra como o lugar onde ele teria tido suas visões e escreveu a revelação, O Último dos 27 livros do Novo Testamento. A Gruta de Santa Ana, na qual isto teria lugar, é considerada como um dos lugares mais importantes da Cristandade. E por esta razão Patmos, é chamado de "Jerusalém do Mediterrâneo". O mosteiro foi fundado por São Cristóvão durante o período árabe, no século XI, e recebeu o nome de São João, o teólogo. Patmos estava quase deserto quando este Monge talentoso e educado, San Cristódulo, em 1088, pediu e obteve a gestão de toda a ilha do imperador bizantino Aleixo I Comneno, para fundar um mosteiro em honra de São João, o Evangelista. San Cristodulo permaneceu em Patmos, até 1108 quando ele foi forçado a abandoná-lo devido às invasões de piratas turcos e morreu no mesmo ano em Euboea. Seu sonho, no entanto, continuou a inspirar outros monges que continuaram seu trabalho nos séculos seguintes e expandiu o Mosteiro entre os séculos XV e XVII. A fundação do Mosteiro de São João, o teólogo, marcou o início de um caminho cultural e religioso que levou a ilha a ser um ponto de referência para todo o cristianismo. A partir desse momento começou um desenvolvimento surpreendente na Ilha de Patmos, não só do ponto de vista cultural, mas também do ponto de vista econômico. Ao longo dos séculos, em quase um milênio de história, o Mosteiro de San Giovanni sempre se manteve ativo e preservou afrescos e antigos documentos de grande valor. A ilha de Patmos foi declarada Santa pelo patriarcado, o ato Sínodo e a lei 1155/81 do Estado grego. O Mosteiro, juntamente com a cidade de Chora e a Caverna do Apocalipse, foram nomeados pela Unesco Património Mundial em 1999, por seu alto valor universal. O Mosteiro, visto de fora, parece uma fortaleza devido às suas imponentes muralhas de 15 metros de altura. Foi construído no pico mais alto de Patmos com a ideia de construir um lugar bem defensável dos piratas. Com a morte do Monge, a construção das poderosas paredes exteriores da igreja principal (O Chamado Catholicon) do refeitório e algumas das vinte celas disponíveis para os monges de hoje tinham sido concluídas. O interior do mosteiro tem muitos pátios, claustros e 10 capelas. Na corte central, com três grandes arcos construídos em 1698, há o Katholikón, formado pela igreja principal, a Capela de São Cristóvão e a da Virgem. A capela dedicada à Virgem tem um plano retangular e abriga os afrescos mais antigos do Mosteiro, datando do final do século XI. Dentro da Igreja, com um plano de cruz grego e cúpula central, há uma iconostase de 1820 e alguns afrescos do século XVII.