A Igreja e o Mosteiro Beneditino na ilha de Santa Maria em Mljet estão entre os mais antigos complexos eclesiásticos do Adriático. A história da Igreja e do Mosteiro data de 1151 quando monges beneditinos da Puglia, uma região sul da Itália na península de Gargano, conhecida como Pulsanesi Eremites foram dadas a ilha de Mljet como presente ou doação pelo Duque de Zahumlje, o atual governante das regiões modernas da Herzegovina e sul da Dalmácia.
Os monges beneditinos, que pertenciam à Abadia de São Maio de Pulsano (Santa Maria di Pulsano - daí o nome) construíram o mosteiro românico e a igreja de Santa Maria na ilhota de Santa Maria sobre as ruínas dos restos mortais do monumento sacral já existente. A primeira menção ao Mosteiro data da década de 1220, quando o nome do Mosteiro de Santa Maria é mencionado nos documentos oficiais da época.
O complexo foi reconstruído e ampliado durante os séculos XV e XVI, quando foram acrescentadas partes renascentistas ao edifício existente. Todo o complexo do mosteiro foi construído no estilo de uma vila e jardim renascentista. A igreja é muito semelhante à de Santa Margherita em Bisceglie, Puglia, Itália, que foi construída no mesmo período (1197). A torre e as paredes circundantes que rodeiam o mosteiro, a igreja e o jardim foram criados no final do século XVII.
É sabido que, no final do século XIV, o mosteiro foi utilizado como quarentena, a primeira na Croácia, pois os monges também eram farmacêuticos.
Na época, todo o ilhéu de Santa Maria era um olival, com cerca de cem oliveiras que ainda lá se encontram.
Os beneditinos ficaram na posse da ilha e do mosteiro até 1808, quando eles, assim como a República de Ragusa, foram abolidos por Napoleão Bonaparte. Partiram em 31.05.1808 e desde então a propriedade do mosteiro tornou-se a fundação da escola. Devido ao elevado risco de ataques de piratas, todo o complexo do mosteiro foi fortificado por muralhas e torres maciças.
