Moskeen er opdelt i to sektioner: Den østlige del, kaldet Beit al-Salah, er dedikeret til bøn. En del af dens udsmykning er i fransk stil med træskærerarbejder. Den vestlige del, "Al-Sahn", er en stor gårdhave, der rummer springvandet til afvaskning og et urtårn i gult kobber, en gave fra kong Louis-Philippe af Frankrig.
Inden for murene er der mange bygninger, herunder tre moskeer og et palads. De fleste af dem blev opført efter Saladins død. Desværre blev mange af de oprindelige konstruktioner også revet ned i de følgende år og erstattet af nye bygninger. Mohammed Ali-moskeen: blev bygget af sultan Mohammed Ali Pasha, som kom til magten i 1805. Den er kendt som Alabastermoskeen, da dette materiale er fremherskende i byggeriet i den osmanniske barokstil, og den minder om Agia Sofia i Istanbul, da den blev designet af den samme ingeniør. Med sin imponerende 52 meter høje kuppel, der bæres af fire søjler, og sine to minareter i tyrkisk stil dominerer den byens landskab fra den højeste del af Cairo. Der er fire mindre kupler i moskéens fire hjørner og mere end 100 farvede glasmalerier på væggene og kuplerne, som har en smuk effekt på det indre.
Mohammed Alis grav: Den ligger til højre for indgangen til moskéen. Graven i tre etager er bygget i hvidt marmor og er smukt dekoreret med mejslede og malede blomster.