Le musée est situé dans les espaces adjacents au Sanctuaire de Notre-Dame de Bonaria, sur la colline du même nom, dans un bâtiment d'origine aragonaise et siège de l'ordre des Mercedari, connu surtout pour son engagement au cours des siècles en faveur de la libération des esclaves. Le Sanctuaire, au contraire, doit sa renommée au simulacre en bois de la Vierge débarquée sur la plage devant lui en 1370, et à l'affirmation conséquente d'un fort culte de la Vierge comme protectrice des marins. Les reliques recueillies sont, pour la plupart, des offrandes votives de ceux qui ont échappé au naufrage ou à l'esclavage, mais les offrandes de souverains et de personnes aux noms illustres ne manquent pas, comme, par exemple, les couronnes d'or offertes, en février 1816, par Vittorio Emanuele I et Maria Teresa. Vêtements, ostensoirs, calices et reliquaires précieux, cadeaux des princes et des prélats, sont épaissis dans les vitrines. Du haut d'un mur brille la grande ancre d'argent offerte par la reine Margherita de Savoie. Sabres, décorations, pièces de monnaie, porcelaine et même sonneries et bombes remplissent les vitrines.
