Le plus grand et le plus intéressant des musées de Rio de Janeiro est consacré à l'histoire humaine du Brésil, depuis l'époque précolombienne jusqu'au XIXe siècle. Les expositions comprennent des peintures, des sculptures, des photographies, des cartes et des armes, ainsi que d'autres objets historiques. Les galeries consacrées aux tribus indigènes du Brésil illustrent leur mode de vie. Les époques coloniale, impériale et républicaine sont également bien représentées. Les visiteurs peuvent voir une réplique des peintures rupestres préhistoriques de la Serra da Capivara, dans le nord-est du Brésil, qui sont considérées comme la plus ancienne trace de présence humaine en Amérique du Sud.
