Det unika museet är tillägnat brödets 6 000-åriga historia som en oumbärlig grund för mänsklig kultur och civilisation. Det är tack vare Willy Eiselens (1896-1981) och hans son Hermann Eiselens (född 1926) decennier långa personliga engagemang som museet har skapats och vuxit fram. Båda två var verksamma inom tillverkning och försäljning av bageriingredienser och hörde till de ledande leverantörerna till bageribranschen.
De två entreprenörerna grundade museet som Tyska brödmuseet 1955 som en förening. Den första permanenta utställningen är från 1960. Det var det första och under många år det enda museet i sitt slag i världen. Det var en strikt privat institution som finansierades av grundarna. År 1991 övertogs finansieringen av museet av Eiselen Foundation, en oberoende välgörenhetsinstitution; samtidigt flyttade museet in i Salzstadel, en historisk lagerlokal i centrala Ulm.
Här blomstrade museet och 2004 välkomnade det sin miljonte besökare.