Museet byggdes mellan 1933 och 1939 för att hysa två gigantiska fartyg som tillhörde kejsar Caligula (37-41 e.Kr.) och som hittades i sjöns vatten mellan 1929 och 1931. Det var därför det första museet i Italien som byggdes för dess innehåll, två skrov på 71,30 x 20 m respektive 73 x 24 m, som tyvärr förstördes i en brand 1944. Museet öppnades på nytt 1953, stängdes igen 1962 och öppnades slutligen igen 1988.
I den nya layouten är den vänstra flygeln tillägnad fartygen, varav en del material är utställt, t.ex. rekonstruktionen av taket med bronspannor, två ankare, fodret på boghjulet, en del original- eller rekonstruerad utrustning ombord (en noria, en kolvpump, ett block, en plattform på kullager). Dessutom visas två modeller i skala 1:5 av fartygen och en fullskalig rekonstruktion av det första fartygets apostikel i aktern, på vilken bronsskopior av lådorna med ferinprotomer har placerats.
Den högra flygeln är däremot ägnad åt befolkningsutvecklingen på det albanska territoriet under republikansk och kejserlig tid, med särskild inriktning på gudstjänstlokaler; votivmaterial från Velletri (S. Clemente), Campoverde (Latina), Genzano (Pantanaccis stämpel) och Dianas helgedom i Nemi, samt material från Ruspoli-samlingen ställs ut här. I den här flygeln kan man också se en museal del av den romerska gatstenen från Clivus Virbii, som ledde från Ariccia till Dianas helgedom.
