Il nome del Museo Allard Pierson deriva dal primo professore di archeologia classica all'Università di Amsterdam, Allard Pierson (1831-1896). Questo ex ecclesiastico fu invitato nel 1877 ad occupare la cattedra di Estetica, Storia dell'Arte e Lingue Moderne nella neonata università. La sua passione per l'antichità, alimentata dai suoi viaggi nell'area mediterranea, lo portò ad assemblare una collezione di gessi dal 1877 al 1895.
Il secondo professore di archeologia all'Università di Amsterdam, Jan Six, aveva una grande collezione personale di libri e oggetti antichi. Alla sua morte nel 1926, l'università aveva interesse ad acquisire la sua collezione. Nel 1932, il figlio di Pierson, Jan Lodewijk, istituì la Fondazione Allard Pierson per rendere la collezione di antichità disponibile per la ricerca e l'insegnamento. La collezione fu portata in un edificio sulla Weesperzijde ad Amsterdam, con l'ultimo piano che serviva da museo.
La collezione crebbe grazie ad acquisti, regali e prestiti di artefatti e documenti. Il 12 novembre 1934, il Museo Allard Pierson fu ufficialmente aperto in un edificio in Sarphatistraat 129-131 (angolo della Roeterstraat). Il museo alla fine superò il suo edificio. Un nuovo edificio si rese disponibile quando la Nederlandse Bank lasciò il suo ufficio al Oude Turfmarkt nel 1976. S.A.R. la principessa Beatrice partecipò alla riapertura del museo il 6 ottobre 1976.
Il museo ha collezioni relative alle antiche civiltà dell'Egitto, del Vicino Oriente, del mondo greco, dell'Etruria e dell'Impero Romano. Le collezioni includono oggetti d'arte e utensili che vanno dal 4000 a.C. al 500 d.C. Ci sono anche modelli in scala di templi ed edifici antichi. Nella mostra sull'Antico Egitto c'è una sala dedicata alla morte, con mummie, sarcofagi e un film che mostra il processo di mummificazione. La soffitta di gesso, da visitare solo con una visita guidata, mostra copie di statue romane e greche. La collezione di ceramica greca del museo presenta esempi di ceramica a figure nere e a figure rosse prodotta nel V e VI secolo a.C. È esposta anche una collezione di sarcofagi romani, compresa una rara bara di legno del 150 d.C. circa che è scolpita in parte nella forma dell'uomo al suo interno.
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