El Museo Arqueológico se encuentra en un contexto arquitectónico extraordinario, el antiguo convento del Monasterio de San Maurizio, fundado en el siglo VIII d.C., donde la historia de la antigua Milán aún muestra sus huellas. El área fue ocupada por un edificio residencial que data del siglo I d.C., las murallas y el gran circo romano adyacente al palacio imperial de finales del siglo III d.C., del que se han conservado importantes restos.
Las colecciones se exhiben en diferentes salas según la cultura a la que pertenecen. En la planta baja, pasando el primer claustro (decoración arquitectónica de origen milanés) está la sección dedicada al Milán Antiguo. El recorrido continúa en el claustro interior ("la sociedad milanesa a través de los epígrafes") donde se puede visitar la torre poligonal (finales del siglo III) con frescos de principios de la época medieval (siglo XIII).
En el sótano se puede visitar la sección de Arte Gandhara y la sección Vivir en Mediolanum. Desde el claustro interior del museo, caminando por la pasarela que cruza las murallas romanas se puede llegar al edificio en la vía Nirone 7, la nueva ampliación del museo. En la planta baja, junto a la sala de conferencias-didáctica, hay un sendero dedicado a la música antigua (Suoni Silenti. Imágenes e instrumentos musicales del Museo Arqueológico Cívico de Milán). En el primer piso se encuentra la sección medieval temprana, en el segundo piso la sección etrusca, mientras que el tercer piso está dedicado a la sección griega. Desde una pequeña habitación al final de la sección etrusca se pueden ver las dos torres romanas del complejo del Monasterio Mayor. En el interior de la torre poligonal de las murallas hay una escultura donada al Municipio de Milán por Mimmo Paladino. Las colecciones egipcias, prehistóricas y protohistóricas se exhiben en las salas Visconti del Castello Sforzesco.
