En el espléndido marco paisajístico que se puede admirar desde la fortaleza aragonesa, la disposición del museo, creado bajo la dirección científica del Prof. Fausto Zevi, pretende presentar la historia de los antiguos yacimientos de los Campos Flegreos en cinco secciones diferenciadas según los contextos topográficos y temáticos: Cumae, Puteoli, Baiae, Misenum y Liternum. Núcleos de artefactos (esculturas, inscripciones, coroplástica arquitectónica, terracota figurada, cerámica, artefactos de metal y vidrio, orfebrería y monedas) desmembrados de antiguos hallazgos de los Campos Flegreos, hasta ahora conservados principalmente en los almacenes del Museo Arqueológico Nacional de Nápoles, se han reunido con contextos de recientes excavaciones en la zona de Flegrea. En los antiguos dormitorios de los soldados de la fortaleza, dispuestos en una secuencia continua en dos niveles, la visita comienza con la sección dedicada a Cumas, situada en el segundo nivel y que consta de veinticuatro salas en las que se ilustra la historia del lugar, desde el asentamiento ópico del siglo IX a.C. hasta la ciudad griega y luego italo-romana hasta la época tardoantigua. La exposición presenta los hallazgos descubiertos durante las excavaciones realizadas por la Superintendencia en colaboración con la Universidad de Nápoles “Federico II” y la Universidad de Nápoles “L’Orientale”; de Nápoles y el Centro Jean Bérard, se traza todo el desarrollo histórico de la colonia helénica con la reconstrucción de la topografía urbana (murallas, calzadas, santuarios y necrópolis con rico ajuar funerario) desde la fase propiamente griega, entre los siglos VIII y V a.C.C. (época orientalizante, arcaica y clásica), a la ciudad samnita del siglo IV a.C. (con la exposición de un rarísimo friso de metopas y triglifos pintados de un edificio del templo) y luego helenística-romana (con la presentación de hallazgos escultóricos y arquitectónicos de los edificios públicos del Foro) hasta la última fase de ocupación en la época bizantina. La sección dedicada a Puteoli, que consta de veinte salas en el primer nivel, también ilustra la historia del lugar en su desarrollo: la primera expansión urbana de la colonia de Augusto con las pruebas de sus edificios para espectáculos, el acueducto y los hallazgos que documentan el carácter cosmopolita de la ciudad (también recordado por la reconstrucción de la cueva de Wady Minahy en el desierto egipcio); la colonia de Nerón con el nuevo trazado urbano deseado por los emperadores; la recuperación en la antigüedad tardía, documentada a través de los hallazgos descubiertos en las villas suburbanas y la necrópolis. En la Piazza d’Arme se puede visitar la sección del Rione Terra, con una exposición de objetos procedentes de las recientes excavaciones en la acrópolis de Puteoli. Incluyen la decoración arquitectónica del Capitolio y la decoración escultórica de otros edificios públicos del Foro de Augusto, consistente en estatuas ideales, entre ellas la espléndida copia de la cabeza de Atenea Lemnia de Fidias, una serie de retratos julio-claudios y fragmentos de estatuas de cariátides y clypeus, que recuerdan el ático del Foro de Augusto en Roma, del que se presenta una hipótesis de reconstrucción en el exterior. La sección dedicada a Baiae y Misenum incluye, además de las salas temáticas de las exposiciones anteriores, la reconstrucción del Sacellum de los Augustos de Misenum, el Nymphaeum de Punta Epitaffio y antiguos moldes de yeso realizados a partir de originales griegos de la época clásica y helenística, utilizados por un taller de escultura que funcionaba en Baiae;taller de escultura de Baia encargado por el emperador, y presenta los hallazgos de la villa marítima romana tardorrepublicana descubierta bajo el castillo y el pabellón del Cavaliere, con espléndidos suelos de mosaico y loza decorada y fragmentos de frescos de estilo pompeyano tardío. Una sección separada está dedicada a Liternum, la colonia marítima fundada en el año 194 a.C., donde los hallazgos (esculturas, inscripciones, ajuares funerarios y diversos tipos de artefactos) se han agrupado según el contexto, recuperados de antiguas excavaciones y de las nuevas investigaciones realizadas por la Superintendencia no sólo en los barrios urbanos, en la zona del Foro, en el anfiteatro y en la necrópolis, sino también en los alrededores de la ciudad antigua.