O Museo Arqueolóxico de Mykonos foi erixido en 1902. O Museo foi creado principalmente para preservar os vestixios recuperados do Pozo de Purificación que se remonta ao 426-425 a.C. Este pozo foi desenterrado no ano 1898 polo recoñecido erudito D. Stavropoulos do pintoresco illote de Rheneia. A elegante característica arquitectónica do museo foi deseñada polo recoñecido arquitecto Alexandros Lykakis. A idea da construción do edificio que alberga o museo naceu polo Ministerio de Educación en colaboración coa Sociedade Arqueolóxica de Atenas.Tamén destacan pola súa presenza a colección de vasos pertencentes ao período helenístico. Unha das principais atraccións do museo son os pithos, realizados artísticamente, que representan con habilidade as escenas da captura de Troia. Este notable pithos foi desenterrado no ano 1961 mentres os escavadores cavaban un pozo en Mykonos.Os pithos retratan artísticamente a caída do exército troiano do cabalo de madeira por excelencia. O corpo do pithos está pechado con paneis que representan soldados que realizan unha ofensiva contra mulleres e nenos inocentes. Os estudosos cren que o pithos data do século VII a.C. Tamén está a enorme ánfora arcaica que destaca con adornos intrincados. De particular importancia é unha estatua cunha esfinxe no pescozo e unha cabeza de cabalo no corpo.A estela Grave de Glykon tamén destaca pola súa presenza que foi descuberta casualmente no mar. A vítima vese sentada nas pedras, cun humor conmovedor e pensativo mirando en branco en dirección á proa do barco. No pedestal hai unha inscrición con estas palabras Glykon, fillo de Protogenis, virtuoso, quédese ben. Esta estela sepulcral é unha das coleccións inestimables do museo.Ademais da estela Grave de Glykon, tamén está a estela Grave de Tertia Horaria. A muller falecida vese sentada e estendendo a súa man de separación ao seu marido que está situado xusto diante. Tamén hai unha imaxe dun neno escravo co recipiente de xoias da súa dama falecida. Esta estela sepulcral situouse enriba dun sarcófago de mármore coa inscrición Tertia Horaria escrita nela no famoso cemiterio helenístico situado en Rheneia. Crese que pertence ao século II a.C.Tamén está a estatua de Heracles de Rheneia. Esta inestimable estatua foi atopada en 1899 no ceo seguro de Heracles. O home valente represéntase espido e ten na man esquerda un garrote e unha pel de león. Esta exquisita estatua está feita coa mellor variedade de mármore de Parian e crese que pertence ao século II. A tixola das Cícladas por excelencia, co seu intrincado adorno, que inclúe os xenitais femininos na parte inferior, foi desenterrada dunha tumba de Mykonos e crese que pertence á primeira era das Cícladas.Un dos artefactos máis coñecidos dos museos é a Hydria arcaica, que está adornada con patróns florales e imaxes de cabalos de deseño complexo. É só un dos moitos vasos que foron desenterrados do Pozo da Purificación. A marabillosa hidra de figuras vermellas tamén merece a pena botarlle unha ollada e destaca pola estatura dunha Nike voadora. Vese un cervo correndo cara ao lado esquerdo.Sábese que a antiga civilización grega utilizaba arxila para dar forma a figuras artísticas. O Museo Arqueolóxico de Mykonos exhibe unha soberbia estatua de barro dunha fermosa muller que se representa levando o tradicional quitón e himation. Esta rara figuriña de barro foi descuberta en Rheneia e data do século II. Tamén destaca pola súa presenza a estatua dun morto que vestía o traxe tradicional. Do mesmo xeito que a estatua de barro da fermosa muller, esta estatua do morto tamén foi desenterrada na localidade de Rheneia helenística.