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ARQUA es una referencia imprescindible para conocer el patrimonio subacuático español en dos grandes áreas. La primera, "Patrimonio Cultural Subacuático", que se centra en la explicación de la metodología utilizada en las excavaciones subacuáticas. Los dos edificios de una impresionante estructura moderna, unidos bajo el nivel del suelo y diseñados para crear un efecto subacuático. En el interior, este notable espacio contiene exposiciones que explican el fascinante proceso de la arqueología subacuática en sí, y una ecléctica colección de artefactos relacionados con los barcos históricos utilizados en el antiguo comercio marítimo del Mediterráneo. Destaca la réplica de uno de los barcos fenicios (siglo VII d.C.), hallado en Mazarrón. El otro espacio, conocido como "Mare Hibericum", invita a los visitantes a descubrir la Península Ibérica a través de la dinámica historia comercial del Mediterráneo, desde la antigüedad hasta el siglo XIX. También hay colmillos de elefante de la época fenicia, descubiertos en el yacimiento del Bajo de la Campana. Es el primer museo de arqueología subacuática de España. Lo mejor son las secciones transversales reconstruidas de barcos que muestran cómo se construían y cómo se estibaban las cargas. Hay algunos dioramas en miniatura muy detallados que muestran escenas de la actividad portuaria y maquetas de barcos de distintas épocas.
La última muestra es sobre la fragata española Nuestra Señora de las Mercedes, que se hundió frente a Portugal en 1804. El naufragio dio lugar a un importante pleito entre el gobierno español y la empresa de búsqueda de tesoros Odyssy Marine Exploration, que dio lugar a la devolución a España de unos 500 millones de dólares en objetos expoliados, incluida una gran cantidad de monedas tradicionales españolas que se exponen en el museo.
